Iniciado um procedimento administrativo, os órgãos administrativos devem providenciar pelo seu rápido e eficaz andamento, quer recusando e evitando tudo o que for impertinente ou dilatário, quer ordenando e promovendo tudo o que for necessário ao seguimento do procedimento e à justa e oportuna decisão (Artigo 60.º ) . O prazo geral para a conclusão de procedimento é de noventa dias, salvo se outro prazo decorrer da lei ou for imposto por circunstâncias excepcionais (N.º 1 do artigo 61.º ) .
Neste âmbito convém lembrar os deveres dos interessados, tanto na formulação do pedido, como no desenvolvimento do procedimento : por um lado, o dever de não formular pretensões ilegais, não articular factos contrários à verdade ou requerer diligências meramente dilatórias, e, por outro, o dever de prestar a sua colaboração para o conveniente esclarecimento dos factos e a descoberta da verdade (Artigo 62.º ) .
O órgão administrativo deve procurar averiguar todos os factos cujo conhecimento seja conveniente para a justa e rápida decisão do procedimento e neste deve fazer constar do procedimento os factos de que tenha conhecimento em virtude do exercício das suas competências (Artigo 86.º ) .
Por outro lado, mesmo que o procedimento seja instaurado por iniciativa dos interessados, os órgãos administrativos podem proceder às diligências que considerem convenientes para a instrução, ainda que sobre matérias não mencionadas nos requerimentos ou nas respostas dos interessados e decidir coisa diferente ou mais ampla do que a pedida, quando o interesse público assim o exigir (Artigo 59.º ) .
Cabe aos interessados o ónus da prova, isto é, provar os factos que tenham alegado. Por isso, podem juntar documentos e pareceres ou requerer diligências de prova úteis para o esclarecimento dos factos com interesse para a decisão (Artigo 87.º ) .
O órgão que dirigir a instrução pode determinar aos interessados a prestação de informações e a colaboração noutros meios de prova. Esta solicitação deverá ser feita por notificação, devendo os interessados fazê-lo, por escrito ou oralmente, no prazo e condições que forem fixados. A recusa do interessado só pode ocorrer quando envolver a violação de segredo profissional, implicar o esclarecimento de factos cuja revelação esteja proibida ou dispensada por lei, importar a revelação de factos puníveis praticados pelo próprio interessado ou por seus familiares, ou for susceptível de causar dano moral ou material ao próprio interessado ou seus familiares (Artigo 88.º ) .
Concluída a instrução, os interessados têm o direito de ser ouvidos no procedimento antes de ser tomada a decisão final, devendo ser informados, nomeadamente, sobre o sentido provável desta (N.º 1 do artigo 93.º ) .
Mas, não há lugar a audiência dos interessados quando a decisão seja urgente, quando prever que a diligência possa comprometer a execução ou a utilidade da decisão ou quando o número de interessados a ouvir seja de tal forma elevado que a audiência se torne impraticável (Artigo 96.º ) . O órgão instrutor pode dispensar a audiência, se os interessados já se tiverem pronunciado no procedimento sobre as questões que importem à decisão e sobre as provas produzidas ou se os elementos do procedimento conduzirem a uma decisão favorável aos interessados (Artigo 97.º ) .