O Projecto Geral de Construção da Zona de Cooperação Aprofundada entre Guangdong e Macau em Hengqin apresenta um novo sistema de negociação, construção e administração conjuntas e compartilha de resultados entre Guangdong e Macau, sendo criadas a Comissão de Gestão e a Comissão Executiva da Zona de Cooperação e as delegações do Comité Provincial de Guangdong e do Governo da Província de Guangdong para, em conjunto, gerirem a Zona de Cooperação de acordo com a divisão das respectivas atribuições e promoverem a construção da Zona de Cooperação Aprofundada entre Guangdong e Macau em Hengqin nos diversos domínios, com vista à concretização do desenvolvimento diversificado das indústrias de Macau e à elevação da qualidade de vida dos residentes de Macau.
A Comissão de Gestão e a Comissão Executiva da Zona de Cooperação são compostas por pessoal designado pela Província de Guangdong e pela Região Administrativa Especial de Macau (RAEM); e os principais responsáveis da Comissão Executiva são designados pelo Governo da RAEM.
A Comissão de Gestão funciona em regime de co-chefia, ou seja, é chefiada conjuntamente pelo Governador da Província de Guangdong e pelo Chefe do Executivo da RAEM, sendo composta, ainda, por um subchefe permanente nomeado pela RAEM e outros subchefes a nomear mediante acordo entre as duas partes, Guangdong e Macau, contando ainda com vários membros, incluindo o pessoal proveniente dos serviços competentes da Província de Guangdong e do Governo da RAEM, bem como do Governo da Cidade de Zhuhai. Sob a direcção do Grupo de Liderança para a Construção da Grande Baía Guangdong-Hong Kong-Macau, cabe à Comissão de Gestão coordenar e deliberar sobre os planos, as políticas, os projectos e a nomeação e exoneração do pessoal que considere importantes na Zona de Cooperação.
A Comissão de Gestão compreende a Comissão Executiva, cujo chefe é nomeado pelo Governo da RAEM e os subchefes nomeados pelo Governo da RAEM, pela Província de Guangdong e pelo Governo da Cidade de Zhuhai. A Comissão Executiva é um organismo legal que subordina à Comissão de Gestão e assume as funções de promoção da divulgação a nível internacional, captação de negócios e investimentos, introdução de indústrias, exploração de terrenos, construção de projectos específicos e gestão dos assuntos respeitantes à vida da população, nos termos legais.
As delegações do Comité Provincial de Guangdong e do Governo da Província de Guangdong irão dedicar-se à boa execução do trabalho relativo à construção do Partido Comunista, à segurança do Estado, aos assuntos judiciários em matéria penal e à segurança pública, entre outros, para desempenharem melhor as funções de administração territorial e para colaborarem, de forma activa e dinâmica, com a Comissão de Gestão e com a Comissão Executiva no impulsionamento do desenvolvimento e construção da Zona de Cooperação.