A Assembleia Legislativa funciona, em comissão, com a Comissão de Regimento e Mandatos, e outrascomissões. Os Deputados podem servir, simultaneamente, em mais de uma comissão (Artigo 22.o do Regimento da Assembleia Legislativa).
Comissão de Regimento e Mandatos
A Comissão de Regimento e Mandatos é composta por sete Deputados, designados por simples deliberação do Plenário, sob proposta da Mesa. As suas competências são, designadamente (Artigos 25.o e 26.o do Regimento da Assembleia Legislativa) :
1) Instruir os processos de impugnação de eligibilidade, de perda e de suspensão de mandato, bem como emitir os respectivos pareceres;
2) Proceder a inquéritos a factos ocorridos no âmbito da Assembleia Legislativa que comprometam a honra ou dignidade dos Deputados;
3) Dar parecer sobre as questões de interpretação e integração de lacunas do Regimento, bem como sobre as propostas de alterações do Regimento e decidir sobre conflitos de competência entre comissões.
Das outras Comissões
Comissões Permanentes
A constituição e o elenco das comissões permanentes, a sua designação e composição são decididos na segunda reunião plenária de cada legislatura, por simples deliberação do Plenário, mediante proposta da Mesa. Compete especificamente às comissões permanentes (Artigos 27.o e 28.o do Regimento da Assembleia Legislativa) :
1) Examinar e emitir relatório e parecer sobre os projectos e as propostas de lei, de resolução e de deliberação, e as propostas de alteração apresentados à Assembleia Legislativa;
2) Examinar as petições dirigidas à Assembleia Legislativa;
3) Votar na especialidade os textos aprovados na generalidade pelo Plenário;
4) Em geral, pronunciar-se sobre todos os problemas submetidos à sua apreciação pelo Plenário ou pelo Presidente.
Presentemente, a Assembleia Legislativa dispõe de três comissões permanentes : 1a Comissão Permanente, composta por 10 Deputados, 2a Comissão Permanente, composta por 10 Deputados, 3a Comissão Permanente, composta por 11 Deputados.
Comissões de acompanhamento
A Assembleia pode constituir comissões de acompanhamento para áreas específicas de governação. À constituição, elenco, designação, composição, funcionamento, e duração das comissões de acompanhamento aplicam-se, com as necessárias adaptações, as regras sobre a matéria previstas para as comissões permanentes (Artigos 29.oe 30.o do Regimento da Assembleia Legislativa).
1) Compete às comissões, nomeadamente, acompanhar os assuntos relevantes relacionados com a área de governação para que foram constituídas e a aplicação das leis aprovadas pela Assembleia Legislativa para essa área.
2) As comissões podem requerer a presença dos membros do Governo da respectiva área de governação, a fim de serem prestados esclarecimentos relativamente ao assunto em acompanhamento, assim como requerer a apresentação de quaisquer elementos relevantes.
3) As comissões de acompanhamento devem elaborar um relatório ou parecer sempre que terminem o acompanhamento de um assunto podendo propor as medidas consideradas necessárias ou adequadas à matéria em análise.
Comissões Eventuais
A Assembleia pode constituir comissões eventuais para qualquer matéria ou fim determinado, sujeito a prazo certo ou incerto ou, ainda, a condição resolutiva. A iniciativa de constituição de comissões eventuais deve ser exercida por, pelo menos, cinco Deputados ou pela Mesa. Compete às comissões eventuais apreciar os assuntos determinantes da sua constituição, apresentando os respectivos relatórios ou pareceres nos prazos fixados pelo Plenário ou pelo Presidente (Artigos 31.o e 32.o do Regimento da Assembleia Legislativa).
Conselho Administrativo
Compõem o Conselho Administrativo (Artigo 11.o da Lei n.o 11/2000) :
1) Um Deputado eleito pelo Plenário, que preside;
2) O Secretário-Geral da Assembleia Legislativa;
3) Um trabalhador dos Serviços de Apoio à Assembleia Legislativa, a designar pela Mesa.
Compete ao Conselho Administrativo (Artigo 12.o da Lei n.o 11/2000) :
1) Elaborar as propostas de orçamento da Assembleia Legislativa;
2) Elaborar o relatório e a conta da Assembleia Legislativa;
3) Exercer a gestão financeira da Assembleia Legislativa.
Início e cessação de funções (Artigo 13.o da Lei n.o 11/2000) :
1) A eleição e designação dos membros do Conselho Administrativo são feitas pelo período da legislatura;
2) No termo da legislatura ou em caso de dissolução da Assembleia Legislativa os membros do Conselho Administrativo mantêm-se em funções até à primeira reunião da Assembleia Legislativa da nova legislatura.