为了澳门居民的健康，卫生局一直致力於向市民提供全面的防疫接种服务。目前澳门的防疫接种计划，包括了预防13种疾病的疫苗，其中除了区内国家／地区常包括的预防结核病、乙型肝炎、百日咳、破伤风、白喉、小儿麻痹症、麻疹、德国麻疹、腮腺炎等疾病的疫苗外，还包括预防肺炎链球菌、流感嗜血杆菌（引起幼儿脑膜炎)、水痘和近年加入的预防子宫颈癌疫苗。除了特区防疫接种计划内的疫苗，为预防社区流感的爆发和减低澳门出现流感重症的机会，卫生局每年为澳门流感高危人口购买足够的流感疫苗供合资格的市民接种。 卫生局今年共购入11万剂2015至2016年度季节性流感疫苗供高危人群免费接种，采购数量近年大致相若，而今年所使用的是四价流感疫苗，供应商是欧美国际知名药厂。卫生局自3月18日起，将本年度流感疫苗免费接种人群开放至全澳居民，开放后已有2,810名居民接种；由2015年9月21日计划开始至今累计已有89,245人接种，其中全澳幼稚园、小学和中学学生的集体接种率分别为67%、76%和57%，接种情况理想。另外，卫生局一直储备可供二十万市民使用的流感抗病毒药物特敏福，以应对可能出现的流感大流行，特敏福的有效期为7年，卫生局於2015年共使用了二万粒特敏福。 流感疫苗是灭活疫苗，不会导致感染流感。流感疫苗具有极好的安全记录，但和任何药物一样，流感疫苗亦有副作用，常见的副作用轻微，包括低热、疲倦、肌肉疼痛、头痛或注射部位疼痛和红肿等；这些症状一般只会持续一至两天，无需治疗而消退；但在极为罕见的情况下，对疫苗中的成份过敏人士，可能会出现严重的过敏反应，但其机率小於百万分之一；目前，澳门未有因接种流感疫苗而出现严重过敏的不良反应报告。同时，世界卫生组织亦明确强调接种流感疫苗是安全且最有效预防流感的措施，能减少因感染流感而出现严重并发症或死亡的机会，能有效保护孕妇、幼儿和老人等社区内的脆弱人群。 卫生局一直积极推动澳门防疫接种的工作，为了方便居民接种，卫生局不但在遍布全澳的各间卫生中心提供免费接种，还通过合作协议，在镜湖医院的接种站提供免费接种；另一方面，卫生中心每年更会主动派出医务人员到各学校为学生提供疫苗接种。 卫生局极为重视疫苗的安全性，所使用的疫苗，都是通过公开招标而采购的，而在选择疫苗的标准中，价格并非考虑的唯一因素，信誉良好和质量可靠安全是卫生局采购选择疫苗的首要考虑因素。目前卫生局使用的疫苗，都是国际知名药厂生产的产品，达到世界卫生组织、美国食品药物管理局或欧盟药物管理局的严格标准。 疫苗是对温度十分敏感的产品，若在生产、运输、储存到使用的任何环节受到不适当的温度影响，都会影响到使用的效果和安全性，而这些均难以从疫苗外观上察觉。为了确保使用的疫苗未受到不适当温度的影响，卫生局在接受每一批疫苗时都会检查疫苗在运输过程每一时刻的温度；卫生局的疫苗仓库和各接种点的疫苗雪柜设有24小时温度监察和警报系统，而疫苗由仓库送往各接种点时，亦在疫苗保温箱内放置温度监测装置。 对於近日有报道指出内地某地区发现非法销售疫苗的问题，卫生局所使用的疫苗与此事件涉及的产品没有任何关系，但卫生局会持续关注事态的发展，及与内地相关卫生部门保持紧密联系，确实做好澳门疫苗品质的把关。
