随着《横琴粤澳深度合作区建设总体方案》（以下简称《总体方案》）出台，横琴粤澳深度合作区工作加紧推进，将进一步促进粤澳两地人员、货物、车辆和资金的流动。为此，粤澳两地政府推出多项便利措施，致力提升口岸通关和贸易的便利水平。
其中，配合横琴粤澳深度合作区“一线放开，二线管住，通关便利”政策，横琴口岸将会采取“大一站式”通关系统，让跨境车辆在创新通关模式下，便利地进出两地。
根据《总体方案》，横琴与澳门特别行政区之间设为“一线”，“一线”是指横琴与澳门之间的通道，经“一线”进出的货物，进一步简化申报程序，让旅客、货物及客货车更便捷地进出琴澳两地。“二线”是指横琴与内地其他地区之间的通道，从深合区经“二线”进入内地的免（保）税货物，按照进口货物有关规定办理海关手续，征收关税和进口环节税。
“大一站式”通关系统，是粤澳两地海关积极探索的跨境车辆便利通关的实践，是双方实现“风险预判、一次机检；数据共享、合作验放”的创新模式。届时，进出境车辆实现“一次排队、一次放行”的通关模式，同时完成两地海关、边检及检验检疫的相关查验程序，有效节省往来两地的通关时间，助力推进粤港澳大湾区通关一体化的发展。
为此，横琴口岸将设置“自动化引导及分流车辆通关设施”，透过LED动态讯息显示屏自动化引导及分流车量，指引不具备资格使用横琴口岸通关的车辆离开、引导需要接受检查的车辆驶入海关查验场、指示不需检查之车辆快速通行等，提升车辆通行效率。
此外，粤澳两地海关将于各自的出境查验场设置大型集装箱机检查验设备，车辆查验结果由两地海关共享，实现两地海关“协作查验，一次机检”，减少重复查验的情况，提升通关效率。同时，双方亦会加强互联机制，透过即时通报，有效拦截违规车辆。
两地海关透过构建综合管理平台，实现以“数据共享、合作验放”的一体化通关模式，只需对车辆及驾驶员实施一次数据采集资料，两地海关、出入境管制和卫生检疫多个部门即可透过综合管理平台统一进行验放。
两地海关的深度合作，将实现对出入境车辆、货物和旅客的自动化风险评估和精准布控，透过重点打击及查验高风险目标，达至通关安全与便利旅客的双重目标。