《横琴粤澳深度合作区建设总体方案》提出健全粤澳共商共建共管共享的新体制，建立深合区管理委员会（以下简称“管委会”）、执行委员会（以下简称“执委会”），以及广东省委和省政府派出机构，按照职责分工共同管理合作区和推进各项建设，实现澳门产业多元发展及提升澳门居民的生活素质。
深合区管委会及执委会均由广东省和澳门特区派员组成，而执委会的主要负责人由澳门特区政府委派。
管委会实行双主任制，由广东省省长和澳门特区行政长官共同担任，澳门特区委派一名常务副主任，而其他副主任则由粤澳双方协商确定，成员还包括由广东省有关部门、澳门特区政府有关部门及珠海市政府等单位派出的人员共同组成。管委会在粤港澳大湾区建设领导小组领导下，负责统筹决定深合区的重大规划、重大政策、重大项目和重要人事任免。
管委会下设执委会，执委会主任由澳门特别行政区政府委派，副主任则由澳门特区政府、广东省及珠海市政府委派。执委会是管委会下设的法定工作机构，依法履行国际推介、招商引资、产业导入、土地开发、专案建设、民生管理等职能。
广东省委和省政府派出机构重点做好党务建设、国家安全、刑事司法、社会治安等工作，履行好属地管理职能，积极主动配合深合区管委会和执委会推进深合区开发建设。