有关《2021澳门廉政公署工作报告》行政申诉部分内指出涉及澳门海关的三个专案调查个案，海关高度重视及接纳廉政公署的意见，并已依法作出处理。
就报告内提及有关关员未经许可开设私人公司事宜，海关已提起纪律程序，并已于2021年5月6日对该名关员处以撤职处分；有关秘书获不合理补偿事宜，已即时作出纠正，并已要求辖下各级人员在日常工作中必须正确运用及准确理解有关法律制度的规定；有关出入口电子表格的资讯事宜，海关已适时于2020年8月在网页内上载及完善有关资讯。
澳门海关将持续强化内部管理机制，完善监督纪律管理，提醒全体人员必须遵纪守法，防范任何违法的情况再次发生，此外，亦加强内部人员对公共行政程序认知的培训。对于关检服务方面，海关保持与相关业界加强沟通合作，持续向公众提供清关报关的最新业务资讯。