根据法律所授予的权限，卫生局负责审核及签发药物业场所准照，亦对其运作进行监察。卫生局药物事务厅因应本澳药物行业近年快速蓬勃的发展，近年相应将重点集中到药房的监管，增加了对药房的巡查次数，定期派员巡查药房场所，现场检查场所的运作及管理，如药物采购、储存、药物调配及销售等活动，同时抽取药物进行质量检测，监察产品的来源和质量，确保法规得以严格遵守及贯彻执行。2014年本澳共有195间药房，卫生局对药房巡查共728次。 在监察市场上流通药物质量工作方面，卫生局透过质量抽检计划，对本澳市场上的药物进行质量检测，以打击伪造、假冒以及不符合标准的药物在市场上流通，2014年卫生局共抽取1034批在市场流通的药物及中成药以作质量检验。此外，卫生局透过在本澳市场推行药物快速筛检工作，打击非法添加西药成份的产品在本澳市场上流通，2014年期间共进行62次关於健康产品是否掺有西药成份的检测。倘发现涉嫌伪造、假冒或侵权的产品，卫生局将个案转介权限部门（海关、食安中心）或司法机构跟进调查。 关於药房以不良销售手法销售药物的情况，现行规范药物业活动的经三月二十五日第20/91/M号法令修改的九月十九日第58/90/M号法令没有直接规管药房不良销售手法的条文。然而，现行法令规定药房须有一名药剂师师担任技术主管，技术主管有责任确保药房的正常运作，亦有责任使与其共同工作的药房人员遵守关於药房运作的规定。因此，倘卫生局接获或发现药房涉嫌以不良销售手法作出欺骗消费者行为的情况，卫生局除将个案转介有关部门（消费者委员会、经济局）跟进外，亦会展开相应的调查，倘证实药房涉及违反现行药物业活动法规或药房技术主管没有履行其责任的情况，卫生局将依法作出惩处。 近年卫生局亦不断强化和完善举报及投诉机制，卫生局已设立市民举报投诉热线，如居民或消费者发觉有药房、药行、中药房等涉及违规经营或有不良销售手法方式售卖药物，可请致电8598 3504向卫生局药物事务厅举报。居民或消费者的意见除了有助维护自身合理的权益，亦有助卫生局更好地监察本澳药品市场的运作，促进行业的健康发展，维持药品市场的正常秩序。 另呼吁药房丶药行从合法的药物进出口及批发商购进药物，而在假冒药品的监察上，卫生局已与海关建立密切的合作机制，共同打击假冒药物在市场流通。
