由於风灾后各种传染病的风险仍未完全消除，卫生局正密切留意各种传染病的情况，并继续在各区进行灭虫、灭蚊和消毒工作，呼吁市民注意遵守各项个人卫生、环境卫生指引及民政总署发出的食物卫生指引。针对开学后学校发生传染病的风险，卫生局亦已透过教育暨青年局发出指引，要求各学校采取相应措施减少学校发生传染病的风险。
截至目前，灾后没有新增的登革热病例，流感样病人没有增加；有关消化道疾病方面，昨日（9月2日）胃肠炎病例仍处较高水平。卫生局监测资料显示，仁伯爵综合医院和镜湖医院在风灾前每日求诊的急性胃肠炎总数一般为40至105人，风灾后有所上升，8月28日至31日每日由204至253人不等，9月2日为187人。上述病人以散发性病例为主，绝大部分病人未发现和特定餐厅或食物有关。病人症状轻微，以腹痛、腹泻为主。年龄方面，以青壮年为主，儿童和老人没有增加; 性别方面，8月28日的病人以女性为主，此后男性渐多，8月30日后病人男女相若。
风灾后截至9月2日收到6宗怀疑集体胃肠炎事件的通报，每宗事件的人数由2至5人，较平日稍增。
初步分析，胃肠炎病人增加，可能和下列因素有关：1）水供应受限，个人卫生条件受限，如不能经常洗手；2）准备食物的场所及设备受污染未能彻底清洗和消毒；3）停电等因素导致食物或食物原料不能在安全的温度下保存；4) 高层大厦过渡水池水浸后没有及时作出彻底清洗，或使用消防储水池的水; 5) 疲劳精神紧张导致免疫力下降或功能性腹泻。
至於确实原因，卫生局及民政总署食安中心正密切调查。
卫生局将继续密切留意有关情况，并呼吁严格遵守民政总署食安中心发出的食品卫生建议，尤其是:
1. 如厕后，准备食物和进食前要洗手；准备食物的场所及设备要清洗和消毒乾净；避免虫、鼠等进入厨房和接近食物；
2. 生熟食物分开处理，并且要使用专用的设备和用具；使用器皿储存食物以避免生熟食物互相接触；
3. 食物要彻底煮熟，熟食再次加热要彻底；
4. 在安全的温度下保存食物, 煮熟的食物不可在室温保存超过2小时。
5. 使用安全的水及食物原料。
此外，由於台风导致可积水的垃圾杂物增加及各种遮雨上盖破损，登革热等蚊媒传染病风险增加，卫生局呼吁居民，注意环境卫生，清除工作地点和家居周围环境的积水，杜绝蚊虫孳生，并在家中使用纱窗、蚊帐或开冷气等措施，减少被蚊叮咬机会；如到户外多蚊地点活动或前往登革热流行区旅行时，宜穿浅色长袖衫裤，皮肤暴露部位使用驱蚊剂，防止被蚊叮咬；如有发热、出疹等疑似登革热症状，应及时就医，并告之医生有关的旅游史或居住地点。
有关预防传染病的详情可查阅卫生局网页(http://www.ssm.gov.mo/csr/) 或致电24小时热线电话28700800。