卫生局的病人除了在仁伯爵综合医院及卫生中心取药外，亦可持处方药单在院外的协议药房取药。就坊间出现病人要走访多间药房才可取齐药物及自费病人的药物价格太贵的情况，卫生局采取新的措施。
卫生局於2017年10月16日推出新的《处方配药服务资讯系统》给协议药房使用，实时监控卫生局处方药物的供应和各药房的库存量，以避免病人需前往多间药房始能配足所需药物的情况。
现时卫生局的处方药物中，约有411种药物可由院外协议药房调配。卫生局通过公开招标的方式大批采购，令药物的单价大幅低於市场价格，亦让自费病人可以合理的价格购买卫生局的处方药物。
鉴於部份药房向自费病人收取过高的药物价格，造成自费病人买药贵的情况，因此，卫生局现进一步规范院外药房必须一律按药物的供应价格(成本价)收取药物费用，但基於药房营运成本的考量，药房可向病人收取不超过卫生局规定上限的药事服务费。
此外，就近日有药房声称只供应药物予卫生局处方病人，不供应予私家医生处方病人。卫生局认为，有关做法不恰当，卫生局有责任确保卫生局病人的处方药物有足够供应，而对於有药房将未能提供私家医生处方药物的责任归咎於衞生局，卫生局对此保留追究的权利。