就有传媒报道因近日内地发生的疫苗质量事件可能将有大量内地儿童到港澳接种并导致港澳疫苗短缺，卫生局强调，卫生局疫苗储备充足，且为确保澳门居民接种需要，在多年前已作出规定，卫生局采购供应的防疫接种疫苗仅供应给澳门居民接种，只有极少数情况才供应给非本澳居民，例如获准在澳门长期逗留的非澳门居民儿童，或医疗上紧急需要的疫苗如受伤后的破伤风疫苗。因此，非澳门居民即使付费亦不能在卫生局或和卫生局有合作协议的接种地点接种卫生局供应的疫苗。根据卫生局的统计资料，几乎百分之百的澳门居民儿童都在卫生局或和卫生局签有合约的镜湖医院接种站接种，即使内地居民来澳接种，亦不会影响卫生局向居民提供接种，居民毋须担心。
同时，为确保澳门防疫接种使用的疫苗供应，卫生局会根据出生人数等人口资料估计未来两年所需并提早订购，现时已订购了至2020年使用的疫苗。有关合约规定如供应商不按合约及时供应，须向卫生局赔偿全部损失并影响未来中标机会。根据过往经验，供应商即使在市场供应十分紧缺情况下亦会优先供应特区政府采购。而目前卫生局儿童常用的疫苗储备至少可用3个月，且供应商承诺会按时向卫生局分批供应订购的疫苗，不会出现短缺情况。