卫生局关注到有手机讨论群组流传对孕妇接种流感疫苗的安全性存有疑虑，导致有医护人员错误理解孕妇不适合接种流感疫苗。卫生局特此澄清，现时已有很多证据充分显示孕妇接种灭活流感疫苗是安全有效的，有关传言的资讯是2006年旧资讯，由2012年开始世界卫生组织已发布最新建议，孕妇应纳入流感疫苗的最优先接种对象。
世界卫生组织早於2005年的立场文件开始提出孕妇接种流感疫苗建议，而其辖下全球疫苗安全谘询委员会於2006年的网上资料显示，委员会曾在2003年审视灭活流感疫苗的安全性资料，提出尚未有妊娠期接种流感疫苗安全性的相关资料，建议需评估对於孕妇及其婴儿的风险及利益，当时疫苗生产商和国家卫生部门倾向於不主张孕妇接种。然而，多年来随著越来越多的研究数据证实孕妇接种灭活流感疫苗非常安全有效，世界卫生组织早於2012年已明确表示，高度建议孕妇接种流感疫苗，强调没有证据显示孕妇接种灭活流感疫苗（即使在妊娠第一期）会对胎儿造成不良影响。
更重要的是，孕妇在怀孕期间的生理状态会出现改变，一旦感染流感，出现肺炎、脑炎、心肌炎等严重并发症，以及住院和死亡的风险均较一般成人高。孕妇接种流感疫苗可减少孕妇及婴儿患上急性呼吸道感染的机会，降低因流感出现心肺并发症及住院的风险及降低胎儿死亡风险。同时，通过母亲孕期接种流感疫苗，以减低流感病毒传播至婴幼儿，可使不能接种疫苗的6个月以下婴儿获得保护。现时美国、澳洲、欧洲先进国家，以及邻近的香港、台湾地区均建议孕妇接种流感疫苗。本澳由2015年9月开始将孕妇加入流感疫苗的建议免费接种对象，并无发现有不良危害，而卫生局一直采购的流感疫苗均是灭活疫苗，而不是减毒活疫苗，灭活流感疫苗适用於孕妇。
卫生局「2018-2019年度流感疫苗免费接种计划」已於9月24日开始，卫生局今年订购了15万剂2018-2019年四价灭活流感疫苗，现阶段优先予高危人士免费接种，截至9月28日已为3,840人接种，比去年同期3,006人多。为方便居民，各卫生中心及卫生站除延长周一至五的流感疫苗接种服务时间至晚上8时，并於国庆假期（10月1及2日）早上9时至中午1时开放接种流感疫苗。澳门的流感高峰期一般在每年的1至3月出现，比温带地区（如中国北方和日本）较迟，卫生局呼吁老人、儿童、孕妇、肥胖人士及慢性病人等感染流感后较易出现并发症的高危人士及经常接触高危人士者应尽早接种疫苗，详情可浏览卫生局网页www.ssm.gov.mo/vaccine。