就有意见反映，心理辅导员未被纳入《医疗人员专业资格及执业注册法律制度》法案规管范围，担心影响有关人员未来执业前景，卫生局表示，心理治疗在临床工作方面包括有临床诊断、治疗手段、康复计划及愈后的跟进，《医疗人员专业资格及执业注册法律制度》仅发出心理治疗师一类型的执照，是征询了心理范畴业界代表的意见，共同讨论所得的共识。卫生局强调，该法案是结合澳门实际情况，考虑个别医疗专业的医疗风险及执业人数，在现行法令医疗专业注册类别的基础上，订出法案适用的15类专业，而心理治疗师是已在卫生局注册类别之一，对于未将心理辅导员纳入规管，并非否定心理辅导员的存在，而是其工作内容不涉及提供临床治疗，故未有纳入规管的迫切性。
参考一些国家及地区对心理专业人员的分类为例，包括了“临床心理师”和“咨询心理师”，“临床心理师”侧重于心理评估、并对有各类心理疾病诊断的寻求专业服务者提供心理治疗服务，而“咨询心理师”侧重于对有一般心理问题（包括发展性问题）的寻求专业服务者提供心理咨询服务。而本澳的心理辅导员与咨询心理师类同，本质在于“辅导”而非“治疗”；心理治疗师则与临床心理师类同，主要进行评估、诊断及治疗。而《医疗人员专业资格及执业注册法律制度》的本质在于规管医疗人员及其执业范围，因此在发出执照，就必须涉及临床治疗介入的考虑，并制定明确的执业范围以避免一些非心理治疗师从事心理治疗的工作。
卫生局强调，现时本澳有不少的心理辅导员执业，即使《医疗人员专业资格及执业注册法律制度》生效后，有关人员仍可继续执业，仅需留意其提供服务的范围以免出现职务逾越，尤其是涉及评估、诊断及治疗等医疗行为。卫生局指出，对于个别未被列入新法案的医疗专业，将透过非注册的方式进行规管。