自1月27日起关闸口岸将通关时间调整至晚上10时结束，为应对可能转移到珠澳跨境工业区出入境事务站的人潮，治安警察局关闭一条出境车道，利用车道的空间增设六条人工柜枱临时通道，结合原来大堂内的三条人工通道及六条自助通道大大增加通关能力，每小时最高可处理出境流量约3000人次，另外在口岸外围预先设置围栏及派员维持轮候秩序。
于27日，由于珠海口岸开始向入境旅客收取健康申报表，影响珠海口岸的通关速度，导致人潮倒灌至跨工区口岸，口岸外围出现大量人潮排队等候办理过关验证手续（因为倒灌的原因，导致当天每小时实际通关量只大约1100人，完全没能发挥增加的六条临时柜枱的作用），本局当晚立即按原先的预案做人潮管制措施，并列印大量的珠海方健康申报表的二维码，供现场拟过关人士扫描以加快填写效率。
经综合总结分析有关经验，本局随即于28日作出优化措施，包括在口岸外围设置挡雨篷改善轮候环境；除在轮候路线加贴珠海方健康申报表二维码外, 更增派人员向现场人士派发珠海方纸张申报表，让旅客提前填写以加快珠海海关的验放速度，加快通关效率。
另外，经济财政司李伟农司长也立即召集各大博企进行会议，研究调整各大博企员工上下班时间及安排车辆载员工到莲花口岸离境。经采取上述措施后，跨境工业区出入境事务站通关秩序大致正常，轮候时间有所缩短，莲花口岸也起到一定分流作用。
警方将密切留意相关情况，持续改善通关效率，保证通关安全。最后，呼吁通关人士，通关前可提前使用电子健康申报表或提早填写纸张健康申报表，尽可能选择使用莲花口岸通关，同时避开人潮高峰。