审计署公布《澳门国际机场专营股份有限公司的运作》衡工量值式审计报告，就澳门机场的管理运作进行审查，探讨澳门机场的现行管理模式，是否能够妥善管理所经营的业务，并具有有效监督机制，确保特区政府投入的公共资源得到合理运用。审计涉及2008年1月至2019年4月的文件资料，范围包括近年于澳门机场所开展的重大工程项目，同时探讨机场专营公司对于澳门机场的营运管理工作。
关于澳门机场行李处理系统的更新，审计报告指出原有的托运行李安检程序，由于是进行安检后才办理登机手续，所以存在着可将爆炸品放入已检查的行李之风险。针对此这项显着的问题，机场专营公司希望透过行李处理系统更新工程，以四层分级的自动化爆炸品检测系统解决有关的保安漏洞。然而，该系统在验收后仍存在根本性问题：出现行李失去追踪定位而需送到第四层安检进行人工处理，影响处理行李的效率；第四层安检时无法显示失去追踪及送到第四层安检的高危行李之X光影像，使安检人员处理这些可能存在爆炸品的行李时面对很大风险。因X光影像的缺陷令到为行李处理系统订定的相应机场安保程序存在安全隐忧，不为民航局接受，无法正式投入运作。
面对如此严重的安保问题，机场专营公司相关管理层成员态度消极，甚至无视原设计规格对第四层安检X光影像之要求，于2014年视系统已完全符合既定要求来处理，并将补救措施视作升级选项而搁在一边，使投入7千多万澳门元更换的新设备一直未能正式投入运作。直至特区政府于2018年6月指示要求改善机场保安后才成立工作小组跟进，并于接近9个月后批准有关升级方案。但升级方案根本无法完全解决系统的问题，风险依然存在。而截至2019年4月，有关问题一直未曾正式于执委会及董事会进行任何汇报及讨论。
审计报告又探讨了澳门国际机场临时公务机库的筹建工作，根据国际航空运输协会机场发展参考手册，机库普遍用作维修活动，故一般城市机场通常不会兴建机库只作泊机。而按特区政府2011年的《澳门国际机场整体发展规划》，在完成第一阶段扩建后便可提供一个用作维修服务的永久公务机库。机场专营公司管理层以构建澳门机场成为公务机维修中心为由，认为需及早兴建机库，在欠缺充分研究及探讨投资回报的情况下，坚持投资2.4亿澳门元，只为提早3年5个月建成一个预期只能使用9年（实际营运期只有8年半），而随后需拆卸的临时公务机库。在实际营运上，按目前定价由营运至拆卸，临时公务机库面临的亏损可达8千多万至1.66亿澳门元。
纵观问题成因，首先是投资回报分析不被重视，在没有于执委会及董事会会议上正式汇报及商讨投资回报分析及营运模式的情况下，便通过立项。同时，虽然机场专营公司管理层在立项过程中曾在内部会议进行过简单的内部投资回报分析，但有关分析却存在重要缺陷，包括：未有按机库功能定位及未来营运模式进行估算；高估收入及低估开支，并高估剩余价值约6.8千万澳门元；此外，亦未分析室外停机位租客转为停泊于机库内，导致出现此消彼长的自我竞争对收入的影响；分析中亦未有考虑将机库土地用作其他用途的选项，例如改建为室外停机位等。再者，撇开估算的种种缺陷以至严重高估回报率的情况，即使假设估算真确，以内部回报率（Internal rate of return）计算的项目实际回报也仅得2.01%，对于兴建及营运机库需面对偌大的不确定性及风险，除非项目具备合比例的可观回报，否则不应该建议作为理想投资。
另一方面，临时公务机库计划提供维护、维修及大修服务（Maintenance, Repair and Overhaul，下称“MRO”），以构建澳门机场成为公务机维修中心的定位，是经过执委会、董事会及特区政府透过不同场合及方式获得认同而确立的。然而，在机库因内在及外在因素无法交付而与已判给的MRO营运商解约后，机场专营公司管理层的做法不是积极寻找另外的MRO供应商，反而以停泊资源需求殷切及原方案难以管理等为由，将机库改作纯泊机之用。事实上，MRO服务定位较具合理性及更大经济效益，且目前澳门机场于2016年改建的15个室外公务机停机位，以较机库更为低廉的租金提供了充足的停机位予长期停泊者，但至2018年使用率仍不足75%，看不到任何欠缺公务机停机位的逼切性与供求缺口。而在欠缺维修服务的情况下，临时公务机库已无法发挥应有的效益。
强推的临时公务机库投资除很大机会亏本，将其改为纯泊机的决定，亦导致失去较高的潜在收入，两者均损害了股东利益。同时，机场专营公司已就MRO服务进行国际招标及判给，但尚未营运便已解约，解约后又突然不提供MRO服务。这对澳门机场于国际间的信誉，尤其在其一致性、可靠性、专业性等方面，有着长远的负面影响。
审计署透过综合评论指出，2019年公布的《粤港澳大湾区规划纲要》明确指出在大湾区建设发展世界级机场群，且支持澳门机场改扩建及发展区域公务机业务。故此，澳门机场的发展及营运管理是否理想除影响澳门之外，更涉及整个大湾区规划发展，具有区域性的影响。然而，综合是次审计所反映的情况，机场专营公司的管理工作明显存在不足，决策过程亦随意粗疏。该公司宜严肃跟进是次审计发现的问题，认真关注内部控制制度中的重大漏洞或薄弱环节，查清源头，深化改革，维护股东及公众的利益。
报告较早前已呈送行政长官，公众可于审计署网站(http://www.ca.gov.mo)下载报告全文，或于办公时间到本署免费索阅。