审计署于2012年6月公布《澳门基金会对社团的资助发放》审计报告，对资助审批、发放及跟进监督方面的审计发现提出了审计意见及建议，是次审计选取当中与监督方面有关的审计发现作出跟进，包括“对受资助者提交活动报告义务的监督及对违反者的处分”及“资助款项发放后的跟进和监督”。
由于澳门基金会每年向社团发放的资助款项由2012年的8.55亿澳门元上升至2018年的22.22亿澳门元，上升幅度显着，而资助款项是否运用得宜需视乎基金会是否执行严谨的监督。因此审计署立项跟进上述报告的两项审计发现之改善情况，探讨基金会订立的相应措施能否有效监督资助款的运用，以确保资助款使用得宜。在刚公布的《跟进历年审计报告-澳门基金会对社团的资助发放》衡工量值式审计报告中，审计署深入探讨基金会对社团资助款项监督工作的改善情况，结果显示由2012年6月公布审计报告截至2018年12月，相关工作的改善情况未如理想。
审计结果指出，澳门基金会在2014年加入的听证程序并不完善，其工作人员在执行上具有自由裁量空间。2015年至2018年每年约两成的受资助者没有按时提交报告，4年逾期个案合共有788宗，涉及金额高达20.91亿澳门元，即使部分资助的逾期提交报告天数显着，但澳门基金会极少开展听证程序，而且对全部逾期个案均没有依例作出处罚。此外，审计署跟进发现一些受资助者持续性逾期提交报告，基金会不但多年不开展听证及后续处理程序，还继续批出新的资助及发出已批的资助款项，令《资助审批内部条例》所订的跟进及处罚机制形同虚设。即使在2018年6月加入分期发放的限制，仅暂缓新项目资助款的发放时间，并未能产生惩处或阻吓的作用，难以促使受资助者按规定及时提交报告。
在「资助款项发放后的跟进和监督」方面，基金会于2012年6月回应审计报告，曾表示只有严格的审计，才能保证受资助者所提交报告之真实性。是次审计跟进时，基金会表示由于仍在研究制订相关的审计标准，故自2012年6月审计报告公布后至2019年8月，仍没有聘请核数师对受资助活动的帐目进行审计。基金会表示在2015年6月通过另外两项监管措施取代，分别是鼓励获大额资助者自行聘请核数师进行审计及抽查获小额资助者的收支单据。
与此同时，基金会从2015年6月鼓励受资助者自行聘请核数师进行审计，由受资助者自行决定是否聘请核数师进行核查，并由基金会资助全额或部分服务费用。有关做法存在关键缺陷，包括：无法让受资助者意识到其提交的财务资料有机会接受审查，促使其必须完整及如实填报；因属鼓励性质不具约束性，故最近4年受资助者配合程度不高，每年提交比率约只有6%至12%；属于审计而能提供高水平审计保证的报告数量甚少，更只有1.6%；其他报告的服务形式五花八门，如代编服务及由受资助者与核数师协商的商定程序，难以确保工作质素及充足程度能够提供到高水平审计保证。在外部审计工作执行情况未如理想的情况下，负责跟进大额资助项目的合作处查核收入与开支所安排的工作，存在审查比率低而且不全面的问题，同时，远远达不到严格审计的效果。
澳门基金会于书面回应中表示，2012年审计报告公布后，已采取多项跟进措施，而根据2015年至2018年的数据可见，及时提交报告者（78.2%）和逾期未超过30日者（14.2%）达到了92.4%，严重不履行承诺者只是极少数，故认为履行提交报告的情况已有很大改观。就上述回应内容，审计署在综合评论指出澳门基金会把“逾期未超过30日”与“及时提交报告者”归类为一起统计，从而得出九成多的受资助者已配合基金会的工作，其计算方式及判断并不恰当。根据审计结果所反映，在2015年至2018年间，每年仍存在两成多的受资助者逾期提交报告，逾期个案总数量达788宗，涉及金额达20.91亿澳门元，甚至有些个案的逾期天数超过两年。是次跟进工作的目标是协助审计对象查找不足，认清过去已经过审计而未能全面改善的问题，基于善用公帑的原则，基金会应逐项检视相关问题，不应该视有关问题已大为改善。为妥善处理上述存在多年的问题，澳门基金会必须以认真及负责任的态度加以改善，以确保每年数以十亿计的资助款项得到妥善的监督及运用。
报告较早前已呈送行政长官，公众可于审计署网站(http://www.ca.gov.mo)下载报告全文，或于办公时间到本署免费索阅。