由澳门卫生局及仁伯爵综合医院、消防局、海关、澳门红十字会、镜湖医院、澳门科技大学等部门和机构组成的东亚运卫生领导小组，将在东亚运期间提供可靠的卫生和医疗保障，全力确保第四届东亚运动会在澳门顺利进行。 该卫生领导小组由澳门卫生局局长瞿国英担任召集人，其中光是卫生局的医疗人员和辅助人员就有一百五十多名。东亚运卫生领导小组主要负责以下范畴的工作：
一、 在赛事进行期间向运动员、工作人员及现场观衆提供必要的医疗支援服务。
二、 药物入口审批：各支运动代表队通常会自带相当数量的药物，以便随时应用，相关部门为代表队提供便捷的药物入口审批手续。
三、 对临时医疗人员进行登记：主要是协助随运动队来澳的医疗人员进行临时登记。
四、 食物卫生控制：东亚运在澳门举行期间，不仅有衆多的运动员和随团工作人员，还有大量的观衆和游客入境。因此，有关部门（特别是疾病预防控制中心）需要对全澳的酒店、酒楼、餐厅和各种食肆进行严密的监察，预防传染病的发生。
五、 灾难事故应变：如不幸出现灾难性事故，当局将按照各种预演计划进行紧急应变协调，有效地动员本地区的人力物力，展开紧急医疗应变；有需要时，还将啓动粤澳紧急医疗消防救援机制，将部分伤病员紧急分流到广东省内的医院，确保所有伤病员能够得到及时的治疗。
