就早前德国BioNTech生产的mRNA新冠病毒疫苗的疫苗瓶封盖瑕疵事件，新型冠状病毒感染应变协调中心一直密切与供应商跟进有关调查进展，目前BioNTech 和复星医药已完成对该问题的调查，调查认为导致疫苗包装出现瑕疵的根本原因在于疫苗封装时金属环的压接工序未能有效确保疫苗瓶封装完整性；而由于疫苗在超低温状态下储存，受细菌感染风险相当低，供应商表示对最终质量预期没有构成重大影响，但为确保疫苗的接种安全，有关批次疫苗不应再被使用，供应商会采取防范措施将有关疫苗回收、运回德国销毁，并会以全新批次的疫苗替换该批次未使用的疫苗给澳门。
新型冠状病毒感染应变协调中心强调，有问题批次中有封盖瑕疵的疫苗未被使用，当发现有关问题后，已应供应商的要求立即封存该批次的所有疫苗。上述有问题批次疫苗，主要是部分疫苗瓶盖的铝质封盖不是非常紧固，出现可松动及渗漏的情况。为确保疫苗的接种安全，在使用疫苗前，医护人员会仔细检查疫苗外观和包装是否有异常，当发现有异常时均不会继续使用，并会向供应商反映，因此全部有此情况的疫苗均未被使用。