为配合卫生部门呼吁机构举办活动时需确实遵守各项防疫指引，教青局举办 “澳门学界五四青年节升旗仪式”期间实行了一系列防疫措施和工作，确保仪式能在安全的情况下进行。有关仪式于5月4日早上7时45分假澳门理工学院体育馆举行，所有出席仪式的人员须于进场时出示有效的核酸检测阴性报告和接受体温检测，同时，教青局已限制参与人数至约700人，为活动场地可容纳人数（2000多人）的三分之一。
而为减少人群聚集，参与活动的老师和学生，安排位于二层的观众席上，并隔位而座。除澳门学界升旗队员、合唱团员和管乐队员外，所有应邀出席的嘉宾、工作人员和师生均全程配戴口罩。教青局在未来举办活动会继续遵守卫生部门各项防疫指引。