为配合特区政府目前对往来澳门和广东省需出示核酸检测阴性报告的出入境政策，教青局已与卫生局及相关部门积极协调跨境学生的核酸检测安排，于2021年6月9日起设黑沙环青年活动中心为临时核酸检测站，并分流学校错峰安排核酸检测，以配合最新通关措施，将影响减到最低。
为便利小学及幼儿教育的跨境学生陪同人员，倘相关学生于黑沙环青年活动中心进行核酸检测，该学生的其中一名陪同人员亦可付费进行核酸检测。另外，澳门综艺馆核酸检测站及北安客运码头核酸检测站亦如常为跨境学生提供核酸检测服务。
最后，教青局呼吁所有教职员和学生避免不必要的跨境活动，减低感染风险，教职员和符合接种新型冠状病毒疫苗的学生应响应和支持特区政府的建议，尽早接种疫苗，以保障自身和家人的身体健康，同时共建群体免疫屏障，阻断疾病传播。