新型冠状病毒感染应变协调中心表示，对于全民核检计划推出首天，市民轮候情况较为辛苦，对此表示歉意。
当局分析首日出现问题源于几个原因，包括疫情来得相当突然，尽管已有预案，但由决定推出计划至翌日9时正式执行，期间只有约10个小时，需协调不同部门于41个站点作布置，起初需要一定时间互相磨合，加上当日上午的澳门健康码系统需要改动逻辑设置以符合核酸通关要求而引致系统出现故障，而且也有三号台风的因素影响，令市民于首天轮候的时间较长。
应变协调中心发现问题后，当时已随即采取了几项应对措施，第一是加强各站点的人员支援，加强沟通协调机制，第二是即时公布各站点的轮候人数供市民知悉，第三是各站点只供预约人士轮候，避免再出现没有限制，预约与非预约人士一起轮候而增加等候时间。
三天全民核检计划时间中，首24小时共采样28.3万人、第二个24小时共采样25.4万人、第三个24小时共采样7.8万人，可见人数集中在首24小时。当局检讨工作后，市民于第二、三日轮候情况和现场秩序获得大大改善。
完成今轮全民核检后，各部门定会检讨经验，研究日后如再需实施全民核检时，要加强预案，包括研究增加更多站点，并划出个别核检站让有需要人士在毋须预约下进行检测，又或于同一站点划分预约与非预约两条队伍轮候，以体现公平性。