为了鼓励澳门居民到横琴就业和生活，寻求广阔的发展机遇，相对于所有在横琴粤澳深度合作区内工作的个人，国家特别给予了澳门居民最优惠的税务待遇。
在《横琴粤澳深度合作区建设总体方案》第十二条的内容中，提出了“对在深合区工作的澳门居民，其个人所得税负超过澳门税负的部分予以免征”，这是一条专门针对在深合区工作的澳门居民的税务优惠政策。
澳门采用单行税法，个人需按工作收入缴纳职业税，税率最高为12%，而内地则采用综合税制，个人所得包含了工资、薪金所得、劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得等多个收入项目，税率最高为45%，两地税负存在明显差异。
考虑到澳门居民未必适应内地税制，同时也未必能享受深合区针对高端人才和紧缺人才的特别税收优惠，为了鼓励他们到横琴就业和生活，寻求广阔的发展机遇，相对于所有在深合区内工作的个人，国家特别给予了澳门居民最优惠的税务待遇。在有关政策施行细则的制订上，在充分考虑两地税制差异的情况下，琴澳双方将会以简单以及有利澳门居民的方式进行计算。
在非澳门居民方面，《横琴粤澳深度合作区建设总体方案》亦明确在深合区工作的境内外高端人才和紧缺人才，其个人所得税负超过15% 的部分予以免征。税负虽然仍高于在深合区工作的澳门居民，但与内地其他方以及很多发达国家和地区相比，税负已相当低，有利吸引境内外高端人才和紧缺人才到深合区工作，发挥人才集聚效应，并为深合区内的高精尖产业，提供所需的人力资源。
现时，澳门经济仍然以博彩旅游业为主，人力资源集中在服务性行业，但长远而言，当深合区内不同的产业蓬勃发展起来后，形成人才集聚和产业集聚，澳门居民的就业选择亦会增多，不再局限于服务性行业，有关政策对本地人才的培养和发展的多样性，会有很大的帮助。