横琴粤澳深度合作区将为促进澳门经济多元化及长远发展注入新动力。为使澳门居民赴横琴深合区学习、就业、创业、生活更加方便快捷，特区政府将不断优化通关模式及措施，让通关更加便利。
横琴口岸是继港珠澳大桥珠澳口岸后，又一个采用“合作查验，一次放行”新型便捷通关模式的口岸，实行24小时通关。该口岸设计承载力为每天22万出入境人次。现时横琴口岸澳门口岸区旅检大厅出、入境层各设置24条合作自助查验通道和4条合作人工查验通道。另外，出、入境层还分别设有7条和6条“台并台、肩并肩”的人工查验通道。
为配合日后发展需要，该口岸的出、入境大厅已分别预留可增设19条和29条合作自助查验通道的空间。预计明年底落成的客货车查验区域的随车验放厅，规划设置出、入境各2条人工查验通道和8条合作自助查验通道。
自青茂口岸于本年9月8日启用日起，横琴口岸及港珠澳大桥口岸的合作自助查验通道，亦同步扩展适用至符合条件的香港永久性居民。
现时，7岁或以上符合条件的内地居民及澳门居民，以及11岁或以上符合条件的香港居民，可使用合作自助查验通道通关。通关时，仅需使用入境方证件作查验，即港、澳居民前往内地时使用港澳居民来往内地通行证（俗称回乡证），返回澳门时，则分别使用香港永久性居民身份证及澳门的居民身份证；内地居民往返内地和澳门时均使用往来港澳通行证。通关人士只需排一次队、读一次证件、采集一次生物特征，便可快速完成两地的边检查验，非常便捷。根据2021年1至8月数据，81%经横琴口岸旅检大厅通关人士是选用合作自助查验通道查验通关。
目前，合作自助查验通道技术上已具条件扩展至台湾地区居民，珠澳边检部门将根据防疫情况，适时公布扩展适用时间。未来，两地会根据社会需求研究将该模式进一步扩展惠及其他人群，同时，也会在确保通关安全的基础上，研究探索实施更便利更创新的通关模式的可行性，让高效便捷通关的效益更广更深。
横琴口岸旅检大厅及未来的随车验放厅的各项便利措施及发展规划，将大大提高通关能力、提升通关效率、改善通关体验，有利于吸引澳门居民到横琴工作、投资和生活，促进两地人员流动，助力两地人员参与该深度合作区的建设及发展。