《横琴粤澳深度合作区建设总体方案》提出，横琴粤澳深度合作区实行“一线放开、二线管住”的分线管理政策，建立澳门与横琴一体化高水平开放体系。未来粤澳两地政府将根据新横琴口岸通行能力及道路交通流量等情况，逐步推进全面放开澳门机动车便利入出横琴。
开放澳门机动车入出横琴是中央惠澳政策的重要体现，也是粤澳合作的重大成果。粤澳两地政府早于2016年12月20日实施澳门机动车入出横琴（即单牌车）政策，并按照“按部就班、逐步推进”的原则，配额由最初的400辆增加至现时的10,000辆，新增允许18岁或以上澳门居民申请机动车辆入出横琴资格（首三个月配额指标为每月300个）。自2021年7月1日起，供18岁或以上澳门居民申请机动车辆入出横琴配额指标由每月300个增至每月500个。只要符合条件的澳门机动车所有人，均可向澳珠两地政府有关部门申请机动车入出横琴资格。
截止2021年10月20日，已生效单牌车配额6,952辆，尚余配额3,048辆。粤澳两地政府会视乎单牌车配额的申请情况而研究加大配额，让更多的澳门市民受惠。
为便利市民申请，澳门海关已于2019年3月推出网上服务，粤澳双牌车、单牌车车主均可透过智能手机及电子平台，进行首次申请、续期及网上电子支付服务，省却亲临海关办理手续的时间。接下来，澳门海关将按照电子政务法的规定，推出电子版车辆边境通行证以取代纸本车卡，并对接现有的网上申请服务，实现全程网上办理及签发车辆边境通行证。
此外，粤澳两地海关积极探索更高效便利的通关措施，将透过“风险预判、一次机检；数据共享、合作验放”的创新通关模式，提升口岸出入境车辆的通关效率。因此，预计2022年年底横琴口岸二期工程完成后，出入境各有9条客车车道、6条货车车道，合共30条车道，口岸每日最大通关车流量可达43,000架次。
粤澳两地政府相关部门将持续研究政策成效，并以全面开放单牌车政策为长远目标，将来不设配额，让澳门居民自由进出琴澳两地，推进琴澳融合发展，拓展澳门居民的居住空间、提升生活质素与舒适度，并为横琴粤澳深度合作区工作、生活的澳门居民创造便利条件。