建设横琴粤澳深度合作区，是丰富澳门“一国两制”实践的重大创举，是国家全面深化改革、建设更高水平开放型经济新体制的重要举措。国务院发布的《横琴粤澳深度合作区建设总体方案》（以下简称《总体方案》），标志着横琴开发进入粤澳全面合作、共商共建共管共享的新阶段。
在新的形势下，要建设好横琴粤澳深度合作区，体制机制创新是最关键、最核心所在。只有把体制机制创新放在突出位置，充分发挥“一国两制”的制度优势，充分利用澳门单独关税区、国际自由贸易港地位以及对外联系网络等条件，结合横琴的空间和资源优势，最大程度释放政策潜力，才能打造具有中国特色、彰显“两制”优势的高水平开放区。
推进体制机制创新，首要的任务是加快组建深合区开发管理和执行机构，建章立制，明确职责分工，从组织机构上落实粤澳共商共建共管共享的体制机制。
其次，在遵循国家宪法和澳门基本法的前提下，逐步构建民商事规则衔接澳门、接轨国际的制度体系。结合实际，认真研究分析澳门和内地民商事制度规则体系的长处，取长补短，形成更加有利于产业发展、更加有利于构建现代化法治化营商环境的制度规则，为深合区长远发展提供制度保障。
第三，聚焦重点领域和关键环节，以更加开放的思维推动政策创新。“分线管理”、跨境金融监管、人才政策以及民生等领域的政策创新，涉及方方面面，必须分清轻重缓急，有所聚焦；同时，深合区的建设没有现成的样板可参考，因此也必须要有创新思维，敢于改革，敢于突破，唯此才能最大限度发挥“两制”的优势，最大程度释放政策潜力。
“一国两制”是澳门的最大优势，建设横琴粤澳深度合作区就是将这个最大优势充分发挥，让澳门特区在更好融入国家发展大局的过程中实现经济适度多元发展。