廉政公署公布《关于教育发展基金发放学校发展计划资助之全面调查报告》，发现教育发展基金制定的“学校发展计划资助申请章程”存在各种漏洞，在资助分析、审批、款项发放和监察等各个环节中，教发基金的意识及作为都存在一定的模糊状况，致使很多能够预见或预防的不规则情况发生，即使在2015年审计报告揭示部份问题后，改善工作仍未全面及到位，教发基金的监察粗疏且流于形式，默许学校“拉上补下”调度资助，影响管理及监察公帑运用，也从没主动跟进执行兼收制度，属行政不当，在执行法定退款机制上甚至明显行政违法。
2020年9月，澳门区某学校发生前正、副校长涉嫌侵吞校方向教发基金申请“学校发展计划”资助款项的案件，廉署一向关注涉及公有财产的不法行为，按行政长官指示，廉政专员随即命令反贪局和行政申诉局联合展开调查，由于教育及青年发展局负责向教发基金提供行政及技术上的支援，故廉署两局人员同场派驻教青局，提取教发基金在过去不同学校年度，向全澳70多间非牟利及非高等私立学校过百校部以及私人教育机构发放“学校发展计划”资助的大量文件资料，听取相关人员的证言及实地视察多项受资助项目，全面审视有关资助的审查及发放机制上所存在的漏洞与不足。
廉署在报告中指出，教发基金在审批个别申请时，没有严格按照其编制的资助申请章程的规定批出资助，也没有严格执行提交审批文件的特定要求。此外，2015年审计署早在审计报告中建议教发基金采取措施整理好资料库，避免出现重复资助的情况，但廉署发现教发基金仍继续在不同学校年度，以相同或相近金额批出相同内容的申请。廉署并质疑一些资助金额达相当巨额的项目，其必要性及合理性跟“学校发展计划”资助的初衷和原则是否吻合。廉署强调，善用公帑是教发基金发放资助款项时必须遵从的大原则，公帑不可被滥用或肆意挥霍。
廉署又发现，对牵涉较高金额的“中/长期计划”工程及设备资助项目，教发基金的事后监察工作乏善可陈。而在其他非固定资助项目上，教发基金人员在核实获资助学校提交的报告及证据文件的工作错漏甚多，工作严谨度不足。廉署认为，相对其他基金而言，教发基金在要求学校作出相应的供监察用之资产管理机制上明显薄弱得多。
廉署还发现，教发基金容许申请者以“拉上补下”的方式依己意调度获批拨的资助款项，甚至对于突发开支，如临时起意的维修、保险及水电等未事先申请的开销项目，部分人员都宽松地任由申请者在各项开销之间任意调度，也从未要求申请者退回差额，只要不超出申请并获批拨的总资助款项，教发基金人员都会接纳。
廉署并指出，《教育发展基金制度》行政法规确立一套法定退款机制，但教发基金在被审计报告首次指出退款问题至今，竟仍未发现已有退款制度，还努力寻求及创设另一套机制去解决退款的程序及责任问题，尤其尝试以《预算纲要法施行细则》的规定，自行订定以60日为最后退款期限以支票形式退款，做法令人费解，显然完全违反《教育发展基金制度》30日内退款的明文规定。廉署指出，有关的退款决定属《行政程序法典》所规定的行政行为，教发基金对受资助者作出的通知必须依照该法典的规定，有关提供申诉的资讯亦须依法作出，调查结果显示教发基金并没按此做法，在依法执行退款机制事宜上，无疑是行政违法。
廉署又指出，教发基金从未以任何方式要求或提醒申请者履行法定兼收制度，实务上对兼收制度亦采取被动态度。当其他基金在收到申请者申请资助并要求其填写兼收声明时，会主动通知教发基金发表意见，随后教发基金才会按兼收比例计算应向申请者批拨的资助金额，本身并无主动监察兼收情况的机制，而且对于受资助设备或物品从不严格核实，对实际上有那些资产属其资助范围可说是全不知情，亦因而无从得知会否重复资助。教发基金在执行兼收机制上虽未至于不作为，但却不主动依法作为，确实存在行政不当。
廉署在报告中还列举多个实例，认为教发基金在各个阶段的工作上，不论意识与作为都存在一定模糊状况，致使很多能够预见或预防的不规则情况发生，甚至出现具欺诈犯罪意图者有机可乘的情况，险令特区政府蒙受相当巨额的公帑损失。
廉署发现，教发基金人员视察学校只流于形式，极其量只能取得一般性的参观效果，相关人员也没有认真纪录细节。至于设备和耐用品方面，教发基金在拨款资助后就置之不理，甚至放任受资助者任意放置、收藏、拆毁或销毁以公帑开展的工程及购置的资产，暴殄公物、浪费公帑之风常见。另外，教发基金亦对外判承办商监管一片空白，既无明文要求受资助者必须严格监管承办商，亦无设立任何机制以便教发基金直接监管此等私人实体。
廉署在报告总结中指出，教发基金一直以合作态度积极配合调查，并检讨更新2021/2022学校年度“学校发展计划”资助申请章程中部分规定，当中决定取消金额较大且出现问题最多的“中/长期计划”资助项目、订明不予资助的项目、为拟更换的软硬件订立最低使用年期、不支持重复购置设备或材料等，廉署认为上述要求有利监察核查公帑使用的真实性。但在监察涉及相当巨额资助款项的工程类资助项目，仍未见教发基金有特别的考虑及预防或计划采取具针对性的措施，以杜绝不规则现象的发生。另外，教发基金虽曾制作内部检视报告，但对于比较严重的遗漏适用法定退款制度及轻忽法定兼收制度这类明显违法情况，该内部检视报告中完全未察觉分毫。廉署强调，这是在坚守 “依法办事”的原则中，必须严肃指出并给予劝喻的问题。
目前，立法会第三常设委员会与政府代表正细则性讨论《非高等教育制度纲要法》及《高等教育制度》的修订案，冀将现有的高等教育基金、教育发展基金及学生福利基金3个基金整合为一个自治基金。廉署认为，倘在涉及教发基金的全面调查中所发现的问题没有被根治，可以预见当3个基金合并之后的问题将会更多，复杂程度恐怕更千丝万缕、千头万绪，故宜抓紧时间先理顺眼前乱象。
廉署在报告中建议行政长官勒令教发基金依法办事，落实教发基金的退款制度和兼收制度等，并须严格依法执行不退款的法定后果，还要避免继续容许“拉上补下”的报销乱象出现。对于具一般市场价格的单项资助项目，廉署建议考虑以定额或按固定比例作为资助模式，避免申请者为了设法获取资助上限的款项而肆意提出申请或混水摸鱼。同时，还可考虑建设一个监察外判承办商的诚信资料库，供申请者参考并选择，还应注意提供有助各单位人员之间畅顺沟通的机制，统一内部工作指引及审批分析、监察核实标准等，此外还应认真考虑建立一套完整的人员回避机制。
廉署在报告中又提醒各家受资助的教育机构亦同样负有责任主动履行法律规定的各项义务，积极配合政府的监察工作，并加强自身的财务审计人员配备及自我监督的力度，与政府一起将公帑使用得当，为澳门的下一代树立良好榜样。
有关报告已呈交行政长官参阅，全文可于廉署网页下载。