就网上有言论指「澳门健康码」手机应用程式内附使用条款中关于非个人资料处理，说明会自动记录多项资料包括使用服务时所浏览的网页等，新型冠状病毒感染应变协调中心（下称应变协调中心）表示，「澳门健康码」手机应用程式内附有的使用条款，当中提及“本软件所使用的程式会自动记录使用服务时所浏览的网页”，供使用者知悉。此类使用条款属于同类软件的通用声明，原因是手机应用程式有部份功能是由网页开发，需要记录打开这些页面时的状况，包括是否成功打开、返回的时间等，以判断程式在使用时会否出现问题。
应变协调中心强调，「澳门健康码」手机应用程式使用者在使用服务时，被记录的网页资料均只属卫生局的网页，不会记录其他应用程式浏览的网页，不涉及个人资料的窃取或泄漏。
应变协调中心呼吁公众尽快下载「澳门健康码」手机应用程式，当出现疫情时便可准确回忆近期的行程，了解是否与核酸阳性者曾经有共同的行程而存在感染风险，以配合流行病学调查工作。