自上世纪八十年代起，行政当局以俗称“水位纸”的“水域公产范围之临时占用准照”，容许部份于澳门半岛内港区域经营码头、渔栏、货仓等商业业务的人士，以“临时占用”的方式使用内港沿岸位置，并收取每平方米土地面积30澳门元年租。
随着2015年中央政府给予澳门特区管理85平方公里海域，特区政府透过2018年生效的《海域管理纲要法》及相关行政长官批示，明确本澳土地与海域的分界，其中，内港沿岸位置纳入为国有土地范围，适用《土地法》规管。
现时于内港区内共有20个个案由水位纸转为须依《土地法》管理，基于对现有个案状况影响最少为前提，行政当局采用《土地法》中性质相近的“临时占用准照”对相关个案进行管理。考虑到相关个案的业务性质，行政当局在《土地法》的“占用准照每年缴纳的费用表”中，于“商业及服务业”和“工业”项目中间新增“码头”项目，年费金额取两者的平均值，定为每平方米土地面积年费980澳门元，并透过行政长官批示公布。
特区政府必须公平依法规管，但考虑到让准照持有人能适应及过渡，故采取了相应措施：
1. 由2018年《海域管理纲要法》生效后至新占用准照发出前，按每平方米土地面积收取30澳门元年费；
2. 在发出有关准照后以渐进模式征收年费，首年30%、第二年60%、第三年90%，从第四年起征收全额年费。
为让相关人士明瞭有关情况，政府相关部门已与临时准照持有人举行会议说明情况。另外，内港货运码头业务自2022年9月作出调整后，内港一带通行的大型货柜车辆明显减少，有效纾缓该区交通压力，达到预期效果。为方便业界，现阶段仍维持容许散货货柜于码头范围内拆柜及卸货，业界可在符合安全规定的情况下选择合适的操作方式。