横琴口岸旅检大厅和随车人员验放厅采用“合作查验，一次放行”便利通关模式，经「合作查验自助通道」 (内地称「合作快捷查验通道」) 通关的人员，只需排一次队、读一次证件、采集一次生物特征，即可快速完成琴澳两地出入境查验，使验放效率大幅提升，通关体验显着改善。2024年首三季使用横琴口岸自助通道通关人员共有1,371万人次，占该口岸总通关人次的84.3%。
为支持横琴粤澳深度合作区发展，进一步便利琴澳两地人员往来，经治安警察局与珠海出入境边防检查总站共同协商后，自2024年10月28日起在横琴口岸试点扩展「合作查验自助通道」适用人员范围，新增以下3类外国护照持用人，经办理澳门和内地自助通关备案手续后可使用该口岸「合作查验自助通道」通行：
1 ) 年满7岁且身高1.2米或以上，持用外国护照(具有中华人民共和国外国人永久居留身份证)，且符合豁免签证及预先入境许可进入澳门条件*的外籍人士；
2 ) 年满7岁且身高1.2米或以上，持用外国电子护照(具有6个月以上中华人民共和国居留许可)，且符合豁免签证及预先入境许可进入澳门条件*的外籍人士；
3 ) 年满7岁且身高1.2米或以上，持用澳门居民身份证并具有以下其中一项证件之外籍澳门居民:
( a ) 外国护照(具有中华人民共和国外国人永久居留身份证)；
( b ) 外国电子护照(具有6个月以上中华人民共和国居留许可)；
( c ) 外国电子护照(具有6个月以上多次有效中华人民共和国签证)。
*参见本澳第38/2021号行政法规第9条，符合豁免签证及预先入境许可进入澳门条件包括：载于《公报》获行政长官豁免的国家之国民https://www.gov.mo/zh-hant/services/ps-1474/ps-1474b/ 、持有本澳逗留特别许可人士（外地雇员、外地雇员家团成员和外地学生等）、持香港居民身份证人士等。
上述新增适用人员须留意，经横琴口岸「合作查验自助通道」通关时应使用入境区域查验证件，即外籍澳门居民前往横琴时使用外国护照，返回澳门时使用澳门居民身份证，而其他外籍人士往返琴澳均使用外国护照。另外，上述符合条件的外籍人士完成澳门自助通关备案手续后，亦可使用设于本澳关闸、外港码头及机场等出入境事务站的传统两门式自助通道通关，以提升其在本澳口岸的通关速度和体验。
「合作查验自助通道」自2018年在港珠澳大桥口岸的珠澳通道首次使用以来，已多次扩展通行人员范围，现时适用绝大部分内地居民、澳门居民、香港居民，以及台湾居民和外籍人士，彰显“合作查验，一次放行”通关模式安全可靠，具备可持续发展优势，是“一国两制”下内地与澳门深度合作的良好示范。未来，珠澳两地出入境管理部门将继续携手并进，通过改革创新和科技赋能，不断研究推出新的便捷通关措施，优化通关环境，为琴澳两地乃至大湾区的人员往来旅游、学习、就业、创业、生活创设便利条件和提供有力支撑，为促进琴澳一体化建设，促进大湾区的繁荣发展贡献力量。
