為了令輕軌系統項目的工作更臻完善，運輸基建辦公室積極配合審計署自2010年起對"輕軌系統"展開的跟蹤審計工作，並指出，工程項目估算受外圍經濟及其他不確定因素影響，難以開展準確的動態估算，當局已實施一系列監察機制，並從多方面優化管理工作，以確保公帑的合理運用。 輕軌系統作為特區政府有史以來規模最大、由籌備至興建時間跨度大的交通基建系統工程，除技術含量高及極具複雜性外，還帶有社會工程的性質。建設時除需考慮多方面技術因素外，亦要因應區域發展、社會環境和社情民意，以及政策目標作出相應配合。 工程從項目估算至正式招標建設經歷一段時間，期間與不少近年正在進行軌道系統建設的鄰近城市類似，不斷受建材價格、貨幣匯率等外圍經濟及其他不確定因素影響，以致項目估算出現大幅上調和波動的情況。根據統計資料顯示，2012年第一季的鋼鐵及混凝土等輕軌土建工程的主要原材料價格指數，與2010年第四季相比，分別錄得超過兩成及超過四成的升幅。 至於審計報告中所建議的動態投資估算，其估值同樣會受上述不確定因素的影響而有所偏差，縱然項目其中一間供應商曾以過往物價指數作出估價與投標價差異的分析，但該數據並非投資估算。考慮到開展工程動態預算困難，在"善用公帑、合理規劃"的原則下，運建辦實施一系列監察機制，包括成立內部監察小組、要求各建設工作參與實體有序執行成本管理措施、引入工程監理機構等。 隨著行車物料及氹仔各標段土建項目落實判給，輕軌系統一期建設項目目前已判給金額約82億澳門幣，當局目前正就未判給的路段進行"貼現"評估，並會於今年內再次更新輕軌工程的整體造價估算，務求讓社會充份掌握輕軌工作的最新資訊。 另外，對於審計報告中指，運建辦容許供應商在合同規定的限期外延遲兩天提交每月報告，由於在合同執行初期，基於該項目的複雜性及極高的專業性，雙方協商將提交報告的日期延遲兩天，但不影響合同的供應期和價金。然而，因應審計報告的意見，運建辦已要求供應商於指定日期提交月報告。在往後的項目中，運建辦會檢討及完善合同磋商階段的工作，並按照合同具體規範要求承建商或供應商嚴格履行責任。 運建辦十分重視審計過程中的發現和建議，並將一如既往地認真審視自身工作，在去年第一階段審計報告所提出的意見和建議，運建辦隨即擬訂並落實一系列跟進措施，包括成立內部監察小組、優化行政當局投資與發展開支計劃預留款項的執行和監控、落實成本控制措施，以及優化外判服務的評核機制等，未來會繼續以善用公帑和提升效率為目標，全力做好輕軌系統的建設。
