在《完善醫療系統建設方案》公佈後，衛生局已隨即著手開展離島醫療綜合體的整體規劃工作。離島醫療綜合體具有設施規模巨大、各種服務部門繁多、現代化規格程度高、醫療設備先進高端等特點。 由於本地沒有相關大型醫療設施的建設經驗，必須進行詳細審慎的研究以決定整體的建造方案。故此衛生局在起始階段努力尋求多方（包括香港、新加坡、以及美國、澳洲公司等）的資訊和意見，綜合並詳細分析各方建議，並聘請了國際專業顧問公司協助設計建造大綱，力求為本地建造一個滿足未來廿五年至三十年醫療發展需要的大型現代化醫療設施。 離島醫療綜合體原計劃分三期進行，後來，經美國醫療規劃專家顧問公司研究及分析，整體工程規劃不宜將每項工程作獨立設計及建造，例如原計劃首先建成的急診大樓會因配套設施不足而運作困難，而且離島醫療綜合體所有組成部份都存有互相依賴互相配合的功能關連，第一期第二期工程應同步進行且更節省時間，故有必要重新檢討綜合體的整體工程規劃，在維持工程質量的同時，力爭配合公佈的時間表落實建設方案，與此同時，會繼續與專家保持溝通，優化建設規劃，爭取多項建設可同步進行，並在其他優化規劃推出前，盡快向公眾公佈。 衛生局也會根據顧問公司的建議，將原來方案分別於2014年和2017年落成的第一期第二期合併為一期工程，即急診大樓和綜合醫院同時興建，兩期合併工程可望按照原來計劃於2017年底完成。而在此前，衛生局亦進行了一系列的補足措施，如在科大醫院內設置了離島急診站，向離島市民提供急症服務；仁伯爵綜合醫院急診大樓已落成即將提供服務；嘉模衛生中心亦將於2014下半年落成投入服務，區內的醫療服務將不斷優化。 此外，石排灣臨時衛生站已落成使用，崗頂傳染病康復中心、前線人員宿舍亦在興建當中，綜合服務大樓和路環衛生站已完成設計待批核，其他項目亦有序開展。
