關注到水泥廠運作對周邊環境的污染，環境保護局要求水泥廠按照國家現行採用的標準—中華人民共和國國家標準GB 4915-2004《水泥工業大氣污染物排放標準》進行檢測並每月提交報告，從而以科學數據分析並客觀評估水泥廠運作時顆粒物(粉塵)的排放情況，以加強對水泥廠的監管。當中就水泥廠顆粒物廠界無組織排放濃度限值定為每立方米1毫克(小時平均值)，排放監測點需設於廠界外20米處。 環境保護局在收到檢測報告後會進行分析，如發現問題除會去函相關監管部門和水泥廠外，亦會聯同經濟局、土地工務運輸局與水泥廠召開會議，要求水泥廠就檢測報告反映的問題盡快作出改善。 除透過檢測報告監察水泥廠的運作情況，環境保護局關注空氣污染問題，並主動派員到現場進行巡查，如發現污染問題，會要求水泥廠盡快改善，以保障環境質素和居民健康。由2010年至2014年4月30日，共250多次派員到水泥廠巡查和跟進情況，向水泥廠發出26次書面意見，以及共召開19次工作會議，會上除討論檢測報告的內容，亦會反映本局巡查和居民投訴情況，要求場所盡快作出改善。現時本局每日持續派員到九澳巡查(包括星期六、日及公眾假期)，如發現水泥廠存在問題，亦會即時通知場所及相關監管部門。 由於內地在去年12月底發佈了新的《水泥工業大氣污染物排放標準》(GB 4915-2013)，提升現行的排放標準(GB 4915-2004)，並於2015年7月1日起執行。為進一步保障環境質素和居民健康，環境保護局正分析執行新排放標準的可操作性。此外，正計劃在靠近水泥廠的位置加裝空氣監測儀，以加強對水泥廠運作進行監測，同時會聯同海事及水務局針對水泥廠卸料及運作進行定期檢測工作。
