為了澳門居民的健康，衛生局一直致力於向巿民提供全面的防疫接種服務。目前澳門的防疫接種計劃，包括了預防13種疾病的疫苗，其中除了區內國家／地區常包括的預防結核病、乙型肝炎、百日咳、破傷風、白喉、小兒麻痺症、麻疹、德國麻疹、腮腺炎等疾病的疫苗外，還包括預防肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌（引起幼兒腦膜炎)、水痘和近年加入的預防子宮頸癌疫苗。除了特區防疫接種計劃內的疫苗，為預防社區流感的爆發和減低澳門出現流感重症的機會，衛生局每年為澳門流感高危人口購買足夠的流感疫苗供合資格的巿民接種。 衛生局今年共購入11萬劑2015至2016年度季節性流感疫苗供高危人群免費接種，採購數量近年大致相若，而今年所使用的是四價流感疫苗，供應商是歐美國際知名藥廠。衛生局自3月18日起，將本年度流感疫苗免費接種人群開放至全澳居民，開放後已有2,810名居民接種；由2015年9月21日計劃開始至今累計已有89,245人接種，其中全澳幼稚園、小學和中學學生的集體接種率分別為67%、76%和57%，接種情況理想。另外，衛生局一直儲備可供二十萬巿民使用的流感抗病毒藥物特敏福，以應對可能出現的流感大流行，特敏福的有效期為7年，衛生局於2015年共使用了二萬粒特敏福。 流感疫苗是滅活疫苗，不會導致感染流感。流感疫苗具有極好的安全記錄，但和任何藥物一樣，流感疫苗亦有副作用，常見的副作用輕微，包括低熱、疲倦、肌肉疼痛、頭痛或注射部位疼痛和紅腫等；這些症狀一般只會持續一至兩天，無需治療而消退；但在極為罕見的情況下，對疫苗中的成份過敏人士，可能會出現嚴重的過敏反應，但其機率小於百萬分之一；目前，澳門未有因接種流感疫苗而出現嚴重過敏的不良反應報告。同時，世界衛生組織亦明確強調接種流感疫苗是安全且最有效預防流感的措施，能減少因感染流感而出現嚴重併發症或死亡的機會，能有效保護孕婦、幼兒和老人等社區內的脆弱人群。 衛生局一直積極推動澳門防疫接種的工作，為了方便居民接種，衛生局不但在遍佈全澳的各間衛生中心提供免費接種，還通過合作協議，在鏡湖醫院的接種站提供免費接種；另一方面，衛生中心每年更會主動派出醫務人員到各學校為學生提供疫苗接種。 衛生局極為重視疫苗的安全性，所使用的疫苗，都是通過公開招標而採購的，而在選擇疫苗的標準中，價格並非考慮的唯一因素，信譽良好和質量可靠安全是衛生局採購選擇疫苗的首要考慮因素。目前衛生局使用的疫苗，都是國際知名藥廠生產的產品，達到世界衛生組織、美國食品藥物管理局或歐盟藥物管理局的嚴格標準。 疫苗是對溫度十分敏感的產品，若在生產、運輸、儲存到使用的任何環節受到不適當的溫度影響，都會影響到使用的效果和安全性，而這些均難以從疫苗外觀上察覺。為了確保使用的疫苗未受到不適當溫度的影響，衛生局在接受每一批疫苗時都會檢查疫苗在運輸過程每一時刻的溫度；衛生局的疫苗倉庫和各接種點的疫苗雪櫃設有24小時溫度監察和警報系統，而疫苗由倉庫送往各接種點時，亦在疫苗保溫箱內放置溫度監測裝置。 對於近日有報道指出內地某地區發現非法銷售疫苗的問題，衛生局所使用的疫苗與此事件涉及的產品沒有任何關係，但衛生局會持續關注事態的發展，及與內地相關衛生部門保持緊密聯繫，確實做好澳門疫苗品質的把關。
