衛生局表示，局方正設計健康評估問卷，向在湖北的澳門居民了解其健康狀況，例如過去14日有否到當地的醫院、有否與確診病人接觸，以及有否出現發燒、咳嗽、咽痛、全身乏力、肌肉酸痛、腹瀉等症狀，由局方從中評估他們是否適合上機。
同時，於包機飛抵湖北當天，醫護人員亦會在機場內設置檢查點，為他們作身體檢查，再明確他們有否患病和是否有條件上機。
當局為有意回澳的居民做了一些評估，包括47人都持有澳門居民身份證，當中的18歲以下人士，其中一些有成年的家人陪同回澳，另一些在本澳亦有監護人。該47人基本符合由旅遊局方面評估的登機條件。同時，47人當中有3歲以下的澳門兒童，也有早前傳媒關注到的一名澳門嬰兒。