海關是負責領導、執行和監察與關務政策有關措施的部門，並負責關務管理和監督具警務性質的職務（第11/2001號法律第一條）。
海關關長是海關主要負責人，由行政長官提名並報請中央人民政府任命，對行政長官負責，但不影響透過行政法規將權限授予保安司司長而產生之監管權（《澳門基本法》第五十條第六項及第11/2001號法律第六條）。
海關的職責是預防、打擊和遏止關務欺詐行為；致力預防和遏止不法販運活動；配合對外貿易活動的監管工作，並為發展對外貿易活動作出貢獻，以維護澳門特別行政區在國際上的信譽；根據法例，確保對知識產權的保護；致力履行澳門特別行政區在海關範疇內承擔的國際義務；致力保護人身和財產安全，妥善執行澳門特別行政區的內部保安政策；參與澳門特別行政區的民防工作，並在緊急情況中參與行動（第11/2001號法律第二條）。