法院是唯一有權限行使審判職能的機關，職責是確保維護權利及受法律保護的利益，遏止對法律的違反，以及解決公、私利益衝突。法院是獨立的，根據法律對屬其專屬審判權範圍的問題作出裁判，不受其他權力干涉，亦不聽從任何命令或指示，其獨立性透過法官的不可移調及無須負責，以及設有一個獨立的管理及紀律機關予以保障（《司法組織綱要法》第三條至第五條）。
各級法院的法官，根據當地法官、律師和知名人士組成的獨立委員會的推薦，由行政長官任命。各級法院的院長由行政長官從法官中選任（《澳門基本法》第八十七條及第八十八條）。
澳門特別行政區設有第一審法院、中級法院和終審法院（《司法組織綱要法》第十條）。
第一審法院
第一審法院依據訴訟法律的規定以合議庭或獨任庭方式運作，屬第一審法院的有初級法院及行政法院（《司法組織綱要法》第二十三條及第二十七條）。
初級法院由民事法庭、刑事起訴法庭、輕微民事案件法庭、刑事法庭、勞動法庭、家庭及未成年人法庭組成（《司法組織綱要法》第二十七條）。
．民事法庭有管轄權審判不屬於其他法庭管轄的民事性質的案件，以及有管轄權審判不屬於其他法庭或法院管轄的其他性質的案件，包括審判該等案件的所有附隨事項及問題（《司法組織綱要法》第二十八條）。
．刑事起訴法庭有管轄權在刑事訴訟程序中行使在偵查方面的審判職能、進行預審以及就是否起訴作出裁判，以及有管轄權執行徒刑及收容保安處分（《司法組織綱要法》第二十九條）。
．輕微民事案件法庭有管轄權審判應按照輕微案件特別訴訟程序的步驟進行的訴訟，包括審判該等訴訟的所有附隨事項及問題，但不影響獲法律賦予的其他管轄權（《司法組織綱要法》第二十九條 – A）。
．刑事法庭有管轄權審判不屬於其他法庭或法院管轄的刑事或輕微違反性質的案件，包括審判該等案件的所有附隨事項及問題（《司法組織綱要法》第二十九條 – B）。
．勞動法庭有管轄權審判適用《勞動訴訟法典》的、由勞動法律關係而生的民事及輕微違反的訴訟、附隨事項及問題，但不影響獲法律賦予的其他管轄權（《司法組織綱要法》第二十九條 – C）。
．家庭及未成年人法庭負責準備及審判下列程序及訴訟，但不影響獲法律賦予的其他管轄權（《司法組織綱要法》第二十九條 – D 條）：
1) 有關夫妻的非訟事件的程序；
2) 經法院裁定的分產訴訟及離婚訴訟，但不影響《民法典》第一千六百二十八條第二款規定的適用；
3) 基於經法院裁定的分產訴訟及離婚訴訟而聲請進行的財產清冊程序，以及與該財產清冊程序有關的保全程序；
4) 宣告婚姻不成立的訴訟或撤銷婚姻的訴訟；
5) 提供扶養的訴訟及執行程序；
6) 與十月二十五日第65/99/M號法令第九十五條所列舉的特別措施有關的程序；
7) 對母親身份及推定父親身份提出爭執的訴訟；
8) 與採用、執行及重新審查十月二十五日第65/99/M號法令所規定的措施及一般措施有關的程序。
家庭及未成年人法庭亦有管轄權審理在上述所指案件中出現的任何附隨事項及問題。
行政法院有管轄權解決行政、稅務及海關方面的法律關係所生的爭議（《司法組織綱要法》第三十條）。
中級法院
中級法院依據訴訟法律的規定以評議會及聽證方式運作。
於中級法院設置一個具管轄權審判刑事性質案件的刑事訴訟案件分庭，以及一個具管轄權審判其他案件的分庭(第105/2010號行政命令)。
中級法院的管轄權主要包括（《司法組織綱要法》第三十六條）：
1）審判對第一審法院的裁判提起司法上訴的案件，以及對自願仲裁程序中作出而可予以爭執的裁決提起上訴的案件；
2）作為第一審級，審判就立法會主席及司長；廉政專員、審計長、警察總局局長、海關關長、行政會委員及立法會議員；法院司法官及檢察院司法官因履行其職務而作出的行為，針對彼等所提起的訴訟：以及審理該等官員在擔任其職務時作出的犯罪及輕微違反的案件；並對後者所指案件的訴訟程序進行預審，就是否起訴作出裁判，以及行使在偵查方面的審判職能；
3）許可或否決對刑事判決進行再審、撤銷不協調的刑事判決，以及於再審程序進行期間中止刑罰的執行；
4）審理對行政長官、立法會主席、終審法院院長；司長、廉政專員、審計長、檢察長、警察總局局長及海關關長；立法會執行委員會；推薦法官的獨立委員會及其主席、法官委員會及其主席、中級法院院長、第一審法院院長、監管辦事處的法官；檢察官委員會及其主席、助理檢察長及檢察官，以及在行政當局中級別高於局長的其他機關所作的行政行為或屬行政事宜的行為，或所作的有關稅務、準稅務或海關問題的行為提起司法上訴的案件；及審理命令作出屬上指實體權限的依法應作出的行政行為訴訟；
5）審判對行政機關履行行政職能時制定的規定提出爭執的案件；審判要求中止某些行政行為及規範的效力的請求，只要該法院正審理對該等行政行為所提起的司法上訴及對該等規範所提起的申訴，以及審判關於在該法院待決或將提起的上訴的其他附隨事項，亦有權審判在該法院待決的行政、稅務或海關上的司法爭訟程序內，或就將提起的上述程序要求預先調查證據的請求；審查有管轄權的第一審法院在處理行政違法行為的程序中所作的科處罰款及附加制裁的裁判；
6） 審查及確認裁判，尤其是澳門以外的法院或仲裁員所作者；
7）審理第一審法院間的管轄權衝突，以及審理行政法院與行政、稅務或海關當局間的管轄權衝突。
終審法院
終審法院是法院等級中的最高機關，其依據訴訟法律的規定以評議會及聽證方式運作。
終審法院的管轄權主要包括（《司法組織綱要法》第四十四條）：
1）依據訴訟法律的規定統一司法見解；
2）審判對中級法院作為第二審級所作的合議庭裁判（屬民事或勞動事宜以及在行政、稅務或海關上的司法爭訟，又或屬刑事的裁判）提起上訴的案件；
3）根據訴訟法律的規定，審判對中級法院作為第一審級所作的可予以爭執的合議庭裁判提起上訴的案件，以及審判對第一審法院可予以爭執的裁判提起上訴的案件；
4）審判針對行政長官因履行其職務而作出的行為所提起的訴訟，以及審理行政長官在擔任其職務時作出的犯罪及輕微違反的案件，但法律另有規定者除外；並在後者所指案件的訴訟程序中進行預審，就是否起訴作出裁判，以及行使在偵查方面的審判職能；
5）就人身保護令事宜行使審判權；
6）審理關於行政長官、立法會、法官委員會及檢察官委員會選舉上的司法爭訟；
7）審判要求中止某些行政行為效力的請求，只要該法院正審理對該等行政行為所提起之司法上訴；審判關於在該法院待決或將提起之上訴之其他附隨事項；並審判在該法院待決的行政上的司法爭訟程序內，或就將提起的上述程序要求預行調查證據的請求；
8）審理中級法院與第一審法院間的管轄權衝突，以及審理中級法院與行政、稅務及海關當局間的管轄權衝突；
9） 審理集會或示威的發起人對當局不容許或限制舉行集會或示威的決定提起的上訴。