為配合特區政府目前對往來澳門和廣東省需出示核酸檢測陰性報告的出入境政策，教青局已與衛生局及相關部門積極協調跨境學生的核酸檢測安排，於2021年6月9日起設黑沙環青年活動中心為臨時核酸檢測站，並分流學校錯峰安排核酸檢測，以配合最新通關措施，將影響減到最低。
為便利小學及幼兒教育的跨境學生陪同人員，倘相關學生於黑沙環青年活動中心進行核酸檢測，該學生的其中一名陪同人員亦可付費進行核酸檢測。另外，澳門綜藝館核酸檢測站及北安客運碼頭核酸檢測站亦如常為跨境學生提供核酸檢測服務。
最後，教青局呼籲所有教職員和學生避免不必要的跨境活動，減低感染風險，教職員和符合接種新型冠狀病毒疫苗的學生應響應和支持特區政府的建議，儘早接種疫苗，以保障自身和家人的身體健康，同時共建群體免疫屏障，阻斷疾病傳播。