由澳門衛生局及仁伯爵綜合醫院、消防局、海關、澳門紅十字會、鏡湖醫院、澳門科技大學等部門和機構組成的東亞運衛生領導小組，將在東亞運期間提供可靠的衛生和醫療保障，全力確保第四屆東亞運動會在澳門順利進行。 該衛生領導小組由澳門衛生局局長瞿國英擔任召集人，其中光是衛生局的醫療人員和輔助人員就有一百五十多名。東亞運衛生領導小組主要負責以下範疇的工作：
一、 在賽事進行期間向運動員、工作人員及現場觀衆提供必要的醫療支援服務。
二、 藥物入口審批：各支運動代表隊通常會自帶相當數量的藥物，以便隨時應用，相關部門為代表隊提供便捷的藥物入口審批手續。
三、 對臨時醫療人員進行登記：主要是協助隨運動隊來澳的醫療人員進行臨時登記。
四、 食物衛生控制：東亞運在澳門舉行期間，不僅有衆多的運動員和隨團工作人員，還有大量的觀衆和遊客入境。因此，有關部門（特別是疾病預防控制中心）需要對全澳的酒店、酒樓、餐廳和各種食肆進行嚴密的監察，預防傳染病的發生。
五、 災難事故應變：如不幸出現災難性事故，當局將按照各種預演計劃進行緊急應變協調，有效地動員本地區的人力物力，展開緊急醫療應變；有需要時，還將啓動粵澳緊急醫療消防救援機制，將部分傷病員緊急分流到廣東省内的醫院，確保所有傷病員能夠得到及時的治療。
