新型冠狀病毒感染應變協調中心表示，對於全民核檢計劃推出首天，市民輪候情況較為辛苦，對此表示歉意。
當局分析首日出現問題源於幾個原因，包括疫情來得相當突然，盡管已有預案，但由決定推出計劃至翌日9時正式執行，期間只有約10個小時，需協調不同部門於41個站點作佈置，起初需要一定時間互相磨合，加上當日上午的澳門健康碼系統需要改動邏輯設置以符合核酸通關要求而引致系統出現故障，而且也有三號颱風的因素影響，令市民於首天輪候的時間較長。
應變協調中心發現問題後，當時已隨即採取了幾項應對措施，第一是加強各站點的人員支援，加強溝通協調機制，第二是即時公佈各站點的輪候人數供市民知悉，第三是各站點只供預約人士輪候，避免再出現沒有限制，預約與非預約人士一起輪候而增加等候時間。
三天全民核檢計劃時間中，首24小時共採樣28.3萬人、第二個24小時共採樣25.4萬人、第三個24小時共採樣7.8萬人，可見人數集中在首24小時。當局檢討工作後，市民於第二、三日輪候情況和現場秩序獲得大大改善。
完成今輪全民核檢後，各部門定會檢討經驗，研究日後如再需實施全民核檢時，要加強預案，包括研究增加更多站點，並劃出個別核檢站讓有需要人士在毋須預約下進行檢測，又或於同一站點劃分預約與非預約兩條隊伍輪候，以體現公平性。