隨着《橫琴粵澳深度合作區建設總體方案》（以下簡稱《總體方案》）出台，橫琴粵澳深度合作區工作加緊推進，將進一步促進粵澳兩地人員、貨物、車輛和資金的流動。為此，粵澳兩地政府推出多項便利措施，致力提升口岸通關和貿易的便利水平。
其中，配合橫琴粵澳深度合作區“一線放開，二線管住，通關便利”政策，橫琴口岸將會採取“大一站式”通關系統，讓跨境車輛在創新通關模式下，便利地進出兩地。
根據《總體方案》，橫琴與澳門特別行政區之間設為“一線”，“一線”是指橫琴與澳門之間的通道，經“一線”進出的貨物，進一步簡化申報程序，讓旅客、貨物及客貨車更便捷地進出琴澳兩地。“二線”是指橫琴與內地其他地區之間的通道，從深合區經“二線”進入內地的免（保）稅貨物，按照進口貨物有關規定辦理海關手續，徵收關稅和進口環節稅。
“大一站式”通關系統，是粵澳兩地海關積極探索的跨境車輛便利通關的實踐，是雙方實現“風險預判、一次機檢；數據共享、合作驗放”的創新模式。屆時，進出境車輛實現“一次排隊、一次放行”的通關模式，同時完成兩地海關、邊檢及檢驗檢疫的相關查驗程序，有效節省往來兩地的通關時間，助力推進粵港澳大灣區通關一體化的發展。
為此，橫琴口岸將設置“自動化引導及分流車輛通關設施”，透過LED動態訊息顯示屏自動化引導及分流車量，指引不具備資格使用橫琴口岸通關的車輛離開、引導需要接受檢查的車輛駛入海關查驗場、指示不需檢查之車輛快速通行等，提升車輛通行效率。
此外，粤澳兩地海關將於各自的出境查驗場設置大型集裝箱機檢查驗設備，車輛查驗結果由兩地海關共享，實現兩地海關“協作查驗，一次機檢”，減少重複查驗的情況，提升通關效率。同時，雙方亦會加強互聯機制，透過即時通報，有效攔截違規車輛。
兩地海關透過構建綜合管理平台，實現以“數據共享、合作驗放”的一體化通關模式，只需對車輛及駕駛員實施一次數據採集資料，兩地海關、出入境管制和衞生檢疫多個部門即可透過綜合管理平台統一進行驗放。
兩地海關的深度合作，將實現對出入境車輛、貨物和旅客的自動化風險評估和精準佈控，透過重點打擊及查驗高風險目標，達至通關安全與便利旅客的雙重目標。