建設橫琴粵澳深度合作區，是豐富澳門“一國兩制”實踐的重大創舉，是國家全面深化改革、建設更高水平開放型經濟新體制的重要舉措。國務院發佈的《橫琴粵澳深度合作區建設總體方案》（以下簡稱《總體方案》），標誌着橫琴開發進入粵澳全面合作、共商共建共管共享的新階段。
在新的形勢下，要建設好橫琴粵澳深度合作區，體制機制創新是最關鍵、最核心所在。只有把體制機制創新放在突出位置，充分發揮“一國兩制”的制度優勢，充分利用澳門單獨關稅區、國際自由貿易港地位以及對外聯繫網絡等條件，結合橫琴的空間和資源優勢，最大程度釋放政策潛力，才能打造具有中國特色、彰顯“兩制”優勢的高水平開放區。
推進體制機制創新，首要的任務是加快組建深合區開發管理和執行機構，建章立制，明確職責分工，從組織機構上落實粵澳共商共建共管共享的體制機制。
其次，在遵循國家憲法和澳門基本法的前提下，逐步構建民商事規則銜接澳門、接軌國際的制度體系。結合實際，認真研究分析澳門和內地民商事制度規則體系的長處，取長補短，形成更加有利於產業發展、更加有利於構建現代化法治化營商環境的制度規則，為深合區長遠發展提供制度保障。
第三，聚焦重點領域和關鍵環節，以更加開放的思維推動政策創新。“分線管理”、跨境金融監管、人才政策以及民生等領域的政策創新，涉及方方面面，必須分清輕重緩急，有所聚焦；同時，深合區的建設沒有現成的樣板可參考，因此也必須要有創新思維，敢於改革，敢於突破，唯此才能最大限度發揮“兩制”的優勢，最大程度釋放政策潛力。
“一國兩制”是澳門的最大優勢，建設橫琴粵澳深度合作區就是將這個最大優勢充分發揮，讓澳門特區在更好融入國家發展大局的過程中實現經濟適度多元發展。