衛生局於2011年1月至3月期間，為522名在九澳居住、工作和就學人士進行健康檢查。該健康檢查是根據環保局聘請的顧問公司對九澳環境因素影響評估結果，同時亦諮詢過香港和內地衛生部門、學術機構的專家意見來設計。檢查內容包括問卷調查、醫生問診、體格檢查、血液和尿液檢查（包括血細胞、肝、腎功能和血鉛等）。4月11日開始已陸續將檢查報告交給受檢查人士，安排需要複診人士複診。 有關健康報告內容以簡單易明為主，參加者如要了解報告的具體數據，需由衛生局醫生作當面講解。至於，有1位九澳居民健康檢查時發現有問題需作專科跟進而被要求收費一事，衛生局表示，因程序出現問題導致誤解，將主動和該名居民聯絡把檢查費用返還給他。 針對檢查結果的分析總結，衛生局表示，已完成初步報告，分析顯示包括九澳殘障和老人院舍院友在內的522名受檢者中，男性和女性貧血者比例分別為6.3% 和13%，轉氨酶異常（肝功能的一種指標）比例為2.9%，肌酐異常（腎功能的一種指標）比例為1.5%。這些情況和過往本澳進行的人口健康調查沒有明顯差別。同時，在503位接受X光胸片檢查的參加者中，有7名肺部異常需要進一步檢查跟進，其中一名診斷為癌症，其他個案在進一步檢查跟進中，目前沒有惡性腫瘤的跡象。在九澳居住、工作和就學的人士雖然存在各種各樣不適和疾病，但不論是否剔除年齡、性別等混雜因素影響，都沒有發現越接近堆填區人士出現不適症狀和檢查結果異常越多的情況。 肺部發現癌症的病人為九澳教育/青年機構的中年女性，病理診斷為淋巴上皮瘤樣癌。該種癌症多由EB病毒感染引起，原發部位多在鼻咽，但目前鼻咽部未發現異常。 此外，另有參加體檢計劃的人士分別有一位慢性髓樣白血病和一位甲狀腺癌病人，均來自九澳教育或青年機構，已在參加體檢計劃前被診斷及治療中。慢性髓樣白血病多和輻射暴露有關。甲狀腺癌病人在多年前已被診斷為甲狀腺瘤並接受甲狀腺切除手術。參加者中尚有4人報告子宮肌瘤、3人報告乳腺纖維瘤或增生性疾病等常見良性腫瘤在最近4年發生。 衛生局表示，在接受健康檢查人士當中約123人有異常情況，其中49人需要進一步跟進。而在這49人當中有19人需要到仁伯爵綜合醫院跟進包括3人要到耳鼻喉科、7人因肺部問題等，另外30人要在衛生中心跟進包括因為有高血壓、糖尿病等。至於其他出現較輕微異常情況的人士，衛生局已向他們解釋暫不需要跟進。 該報告正交由香港和內地學術機構的3名教授所組成的專家小組進行審閱，專家小組初步認為，參加者中各種疾病的發生情況，和其他人群沒有明顯差別，離堆填區較近地區活動的人士亦沒有出現較病患較多的情況，故從目前資料來看，不能斷定有關人士健康狀況和飛灰有關，建議將結果和其他地區人士的健康狀況作更深入比較研究。另一方面，考慮到有些環境有害因素的作用不會在短期內顯現，建議對有關人士進行長期追蹤並和其他人群作出比較，如沒有出現不尋常的情況，才能排除飛灰引起的健康問題。 衛生局強調，將根據醫療專家小組意見制訂長遠的跟進計劃，除跟進檢查發現有異常人士的健康外，還會建立九澳居民健康資料庫，定期評定該人群的健康情況，並和其他地區人士的健康狀況進行比較。
