就組織架構而言，公共行政是一個由各個機構、部門、公共實體及其人員組成的系統，其宗旨是發展及規範各項以確保滿足集體需要為目的之活動。因此，澳門特別行政區公共行政是由根據法規設立，且按法規確立宗旨和權力基礎的機構和部門組成。
公共行政是由為貫徹一般利益和澳門特別行政區整體利益的機構及部門所組成，並可分為：
1）直接方式（直接行政）：由在等級上隸屬於澳門特別行政區行政長官或司長的專門機構和部門負責；
2）間接方式（間接行政）：由獨立運作但受澳門特別行政區行政長官或司長監督的自治法人機構負責。
被概括稱為公共部門的直接行政機構可獲授予不同程度的自治權：
1）一般部門：是與澳門特別行政區行政長官或司長有等級從屬聯繫的組織單位，不具備行政及財政自治權。
例如：財政局；行政公職局。
2）行政自治部門：具有本身權限作某些行政行為的組織單位，在等級上仍從屬於澳門特別行政區行政長官或司長，不具備財政自治權。
例如：教育及青年發展局；海事及水務局。
3）行政及財政自治部門：擁有本身的職權作各種行政行為，管理專有的具有本身收入的財政預算（澳門目前沒有不具法人資格的行政及財政自治部門）。
此外，還包括另一類稱為公共基金的實體。部門與公共基金的主要區別在於，部門是各種資源（人力，物力及財力）的集合體，為達至特定目標而建立，而基金是財政性質的工具，不涉及人力及相關財產，然而兩者均有本身的領導或管理單位。
例如：體育基金；旅遊基金。
間接行政由負責某一領域及被稱為公務法人的法人部門負責，且反映出在行政，財政及財產方面有不同程度的自治。澳門特別行政區行政長官或司長對公務法人的活動有指導及監督權。
公務法人可分為以下幾類：
1）法人部門或（狹義的）公務法人：一般來說其組織及運作與行政部門沒有分別。然而法律人格的賦予使此等機構在運作上有較大的自主權和在管理其資源時有較大的自由。
例如：郵電局；印務局。
2）公共財團：以資產及相關收入為主要要素的公務法人，負責管理一項專款，該專款的資金源於撥作特定公共目的的收入。
例如：澳門基金會。
3）公共企業：是一種企業化組織，具有公法人資格，其運作受融合私法和公法的特定制度約束。它的主要特點是所管理的資本全屬公有，並受公共團體領導和監察（澳門目前沒有公共企業）。
4）公共團體：是一種社團性質的法人機構，基本上由公共及私人實體構成，職責是追求制度所定的利益。
例如：澳門律師公會；澳門土木工程實驗室。
除直接行政的機構及間接行政的公務法人外，澳門特別行政區行政機關還可根據需要設立諮詢組織。