一九九九年十二月二十日第2/1999號法律第三條及第二十一條，一九九九年十二月二十日第6/1999號行政法規，一九八四年八月十一日第85/84/M號法令及一九八七年七月三十日第8/87/M號法律訂定了澳門公共行政的組織架構綱要，並制定了一套具有靈活地建立部門架構特色的組織制度。
除澳門保安部隊外，該等法例所訂定的組織原則適用於澳門特別行政區所有公共部門，包括自治部門。同時法例經必要配合後，亦適用於登記及公證部門、衛生部門、懲教管理部門及學校、司法警察局、立法會辦事處。
澳門特別行政區公共部門的組織，受靈活性原則約束，該原則對達至高效和有效目標是必需的，其限制如下：
1）在架構方面，各個單位或附屬單位與各專門工作領域間，無論在等級和數目方面均須盡可能正確相應；
2）在訂定人員編制方面，工作量與必需的在職人員數目須達至平衡。
公共部門和有關人員的編制必須依照法規設立、重組或撤銷，其內容應包括下列各章節：
1）法律性質及職責；
2）部門及附屬單位，有關的權限及運作規則（未在關於行政程序的概括性法規內載明）；
3）人員，指出適用於有關職程的法律或由適用的特別規範釐定；
4）若有需要，作最後及過渡性規定。
行政及財政自治部門的組織法規還須訂定有關的財政及財產管理制度。