因應新城填海區A區工程陸續展開，為保障海事安全，港務局加強對施工船隻進行監控和巡查工作，確保施工船隻按照通航指引進出環澳門水域，並在安全的情況下進行填海工程。 港務局一直致力保障海上航行安全，並要求海上作業人士必須嚴格遵守相關的通航指引。鑒於新城填海區A區工程的前期準備工作已陸續展開，越來越多外來的工程船隻進出環澳門水域和新城填海施工區。為了保障船隻航行和施工安全，港務局對施工區的工程船隻進行定期及突擊的巡查行動，檢查船上的配置是否符合要求。 由於現時新城填海區A區多數施工船是外來船隻，港務局在巡查工作中會檢驗施工船隻的工程准照、卸泥證、適航證、船員名單等，確保工程船隻具備安全條件和施工資格，同時會檢查船上的航行紀錄儀和行駛軌跡，並會向船員講解環澳門水域的航行安全指引和須知，包括派發航行指南和相關的宣傳單張、提醒船員應正確和安全地使用工程船設備、注意運泥船的運載量及潮汐情況，以免發生擱淺等意外。同時，港務局每日均有專人監察新城填海區A區的船隻的施工情況，並會定期登船進行巡查，保障海事安全。 另一方面，港務局與澳門海關每周均會有突擊聯合巡查行動，打擊各類海上違規事件。而港務局轄下的船舶交通管理中心亦會24小時對航行船舶進行監察，對於不遵守相關海事法規規定的船公司、船舶和人員，港務局會依相關規定進行處罰。 港務局一向高度重視海上航行安全，持續加強與廣東、深圳、珠海、香港海事單位的緊密區域合作，除了定期舉行海事工作交流會議外，亦會聯合進行海上搜救演練，有效加強了粵港澳三地的海上合作搜救能力，並與珠海海事局聯合編製了《環澳門水域船舶安全航行指引圖》以及《環澳門水域船舶航行指南》，向兩地航運及海上工程業界免費派發。
