橫琴口岸旅檢大廳和隨車人員驗放廳採用“合作查驗，一次放行”便利通關模式，經「合作查驗自助通道」 (內地稱「合作快捷查驗通道」) 通關的人員，只需排一次隊、讀一次證件、採集一次生物特徵，即可快速完成琴澳兩地出入境查驗，使驗放效率大幅提升，通關體驗顯著改善。2024年首三季使用橫琴口岸自助通道通關人員共有1,371萬人次，佔該口岸總通關人次的84.3%。
為支持橫琴粵澳深度合作區發展，進一步便利琴澳兩地人員往來，經治安警察局與珠海出入境邊防檢查總站共同協商後，自2024年10月28日起在橫琴口岸試點擴展「合作查驗自助通道」適用人員範圍，新增以下3類外國護照持用人，經辦理澳門和內地自助通關備案手續後可使用該口岸「合作查驗自助通道」通行：
1 ) 年滿7歲且身高1.2米或以上，持用外國護照(具有中華人民共和國外國人永久居留身份證)，且符合豁免簽證及預先入境許可進入澳門條件*的外籍人士；
2 ) 年滿7歲且身高1.2米或以上，持用外國電子護照(具有6個月以上中華人民共和國居留許可)，且符合豁免簽證及預先入境許可進入澳門條件*的外籍人士；
3 ) 年滿7歲且身高1.2米或以上，持用澳門居民身份證並具有以下其中一項證件之外籍澳門居民:
( a ) 外國護照(具有中華人民共和國外國人永久居留身份證)；
( b ) 外國電子護照(具有6個月以上中華人民共和國居留許可)；
( c ) 外國電子護照(具有6個月以上多次有效中華人民共和國簽證)。
*參見本澳第38/2021號行政法規第9條，符合豁免簽證及預先入境許可進入澳門條件包括：載於《公報》獲行政長官豁免的國家之國民https://www.gov.mo/zh-hant/services/ps-1474/ps-1474b/ 、持有本澳逗留特別許可人士（外地僱員、外地僱員家團成員和外地學生等）、持香港居民身份證人士等。
上述新增適用人員須留意，經橫琴口岸「合作查驗自助通道」通關時應使用入境區域查驗證件，即外籍澳門居民前往橫琴時使用外國護照，返回澳門時使用澳門居民身份證，而其他外籍人士往返琴澳均使用外國護照。另外，上述符合條件的外籍人士完成澳門自助通關備案手續後，亦可使用設於本澳關閘、外港碼頭及機場等出入境事務站的傳統兩門式自助通道通關，以提升其在本澳口岸的通關速度和體驗。
「合作查驗自助通道」自2018年在港珠澳大橋口岸的珠澳通道首次使用以來，已多次擴展通行人員範圍，現時適用絕大部分內地居民、澳門居民、香港居民，以及台灣居民和外籍人士，彰顯“合作查驗，一次放行”通關模式安全可靠，具備可持續發展優勢，是“一國兩制”下內地與澳門深度合作的良好示範。未來，珠澳兩地出入境管理部門將繼續攜手並進，通過改革創新和科技賦能，不斷研究推出新的便捷通關措施，優化通關環境，為琴澳兩地乃至大灣區的人員往來旅遊、學習、就業、創業、生活創設便利條件和提供有力支撐，為促進琴澳一體化建設，促進大灣區的繁榮發展貢獻力量。
