根據法律所授予的權限，衛生局負責審核及簽發藥物業場所准照，亦對其運作進行監察。衛生局藥物事務廳因應本澳藥物行業近年快速蓬勃的發展，近年相應將重點集中到藥房的監管，增加了對藥房的巡查次數，定期派員巡查藥房場所，現場檢查場所的運作及管理，如藥物採購、儲存、藥物調配及銷售等活動，同時抽取藥物進行質量檢測，監察產品的來源和質量，確保法規得以嚴格遵守及貫徹執行。2014年本澳共有195間藥房，衛生局對藥房巡查共728次。 在監察市場上流通藥物質量工作方面，衛生局透過質量抽檢計劃，對本澳市場上的藥物進行質量檢測，以打擊偽造、假冒以及不符合標準的藥物在市場上流通，2014年衛生局共抽取1034批在市場流通的藥物及中成藥以作質量檢驗。此外，衛生局透過在本澳市場推行藥物快速篩檢工作，打擊非法添加西藥成份的產品在本澳市場上流通，2014年期間共進行62次關於健康產品是否摻有西藥成份的檢測。倘發現涉嫌偽造、假冒或侵權的產品，衛生局將個案轉介權限部門（海關、食安中心）或司法機構跟進調查。 關於藥房以不良銷售手法銷售藥物的情況，現行規範藥物業活動的經三月二十五日第20/91/M號法令修改的九月十九日第58/90/M號法令沒有直接規管藥房不良銷售手法的條文。然而，現行法令規定藥房須有一名藥劑師師擔任技術主管，技術主管有責任確保藥房的正常運作，亦有責任使與其共同工作的藥房人員遵守關於藥房運作的規定。因此，倘衛生局接獲或發現藥房涉嫌以不良銷售手法作出欺騙消費者行為的情況，衛生局除將個案轉介有關部門（消費者委員會、經濟局）跟進外，亦會展開相應的調查，倘證實藥房涉及違反現行藥物業活動法規或藥房技術主管沒有履行其責任的情況，衛生局將依法作出懲處。 近年衛生局亦不斷強化和完善舉報及投訴機制，衛生局已設立市民舉報投訴熱線，如居民或消費者發覺有藥房、藥行、中藥房等涉及違規經營或有不良銷售手法方式售賣藥物，可請致電8598 3504向衛生局藥物事務廳舉報。居民或消費者的意見除了有助維護自身合理的權益，亦有助衛生局更好地監察本澳藥品市場的運作，促進行業的健康發展，維持藥品市場的正常秩序。 另呼籲藥房丶藥行從合法的藥物進出口及批發商購進藥物，而在假冒藥品的監察上，衛生局已與海關建立密切的合作機制，共同打擊假冒藥物在市場流通。
