衛生局表示，原計劃擴建的傳染病大樓於2009年因限高問題，而必須將2005年至2008年間已近完成的設計方案推倒重來，對大樓的高度、佔地面積、病房數量等作重新調整。因仁伯爵綜合醫院周邊地勢的關係，原計劃保留的宿舍和行政大樓亦因而被迫清拆。 現時，擬擴建的傳染病大樓樓高44.2米，海拔高度為61.1米，低於現時仁伯爵綜合醫院和將清拆的行政大樓的高度。傳染病大樓防護技術要求極高，工作空間分別設置潔淨和污染區域，保護使用者和工作人員的安全；兩層大型的機電設施維持大樓的負壓系統和高效過濾系統等的運作，保證大樓符合高度防控的標準。有關大樓的建築高度已得到文化局的同意，並嚴格遵守文化局的建築發展條件的意見，包括部份建築的特殊限高、與周邊建築物的距離、遵守街影限制、保留區內古樹和保護城牆等而進行有關設計。 目前的設計階段已進入制作建築數量清單，待完成後將有較準確的成本估算，而之前預計的大樓建築成本約為6億3千萬。
