路環荔枝碗船廠地段皆為公產土地，一般是以《臨時佔用准照》之方式交予准照持有人使用。准照持有人有責任妥善維修保養其設施，及須遵照《臨時佔用准照》內所指定的用途經營業務。
其中11個地段(X5至X15)的船廠因欠缺妥善維護導致失修嚴重，海事及水務局於2013年至2015年期間，先後至少5次以公函通知上述11個地段的佔用人，要求儘快對設施進行維修，然而相關佔用人沒有履行維護相關設施的責任，亦沒有按照《臨時佔用准照》所指定的用途利用有關地段，故其臨時佔用准照之有效期於2015年12月31日屆滿後，未獲特區政府續期。
2016年4月，上述11個地段中的X-15地段的船廠廠棚更因為失修導致塌陷，對附近居民的人身和財產安全構成重大危險。附近居民極為擔心船廠的安全情況，亦有居民聯同路環荔枝碗村民聯誼會代表親身到海事及水務局遞信，表達對家園及自身安全受到威脅的擔憂。為保障居民和旅客的安全，海事及水務局已於2016年5月依法圍封了上述11個地段。現時，特區政府已收回上述的地段。另外尚有4個地段的船廠狀況尚可，而佔用人亦已按要求進行了維修，因此已按照實際情況批准續期。
海事及水務局一直派員巡查及密切監察船廠狀況，早前在巡查時亦曾發現有船廠的鐵皮有掉落的危險，在聯同土地工務運輸局進行評估後，由消防局協助清除了相關鐵皮部件，保障安全。而根據最新的評估，上述11個地段的失修情況已十分嚴重，並隨時有塌陷的危險。為保障市民和旅客的安全，特區政府將於短期內清拆上述地段的設施。當中，X-12及X-15地段的設施失修情況最為嚴重，因此將會先行清拆。