衛生局表示，由於風災後各種傳染病的風險仍未完全消除，正密切留意各種傳染病的情況，並繼續在各區進行滅蟲、滅蚊和消毒工作；呼籲巿民注意遵守各項個人衛生、環境衛生指引及民政總署發出的食物衛生指引。同時，針對開學後學校發生傳染病的風險，衛生局亦已透過教育暨青年局發出指引，要求各學校採取相應措施減少學校發生傳染病的風險。
截至目前，災後沒有新增的登革熱病例，流感樣病人亦沒有增加；有關消化道疾病方面，昨日（9月3日）胃腸炎病例仍處較高水平。衛生局的監測資料顯示，仁伯爵綜合醫院和鏡湖醫院在風災前每日求診的急性胃腸炎總數一般為40至105人，風災後曾一度上升至8月30的253人，9月3日已下降至163人。上述病人以散發性病例為主，絕大部分病人未發現和特定餐廳或食物有關。病人症狀輕微，以腹痛、腹瀉為主，僅約2%有輕微發熱。年齡方面，以青壯年為主，兒童和老人患者沒有增加；性別方面，8月28日的病人以女性為主，此後男性漸多，8月30日後病人的男女比例相若。截至9月3日，共收到7宗懷疑集體胃腸炎事件的通報，每宗事件的人數由2至5人，較平日稍增。
初步分析，胃腸炎病人增加，可能和下列因素有關：1）水供應受限，個人衛生條件受限，如不能經常洗手；2）準備食物的場所及設備受污染未能徹底清洗和消毒；3）停電等因素導致食物或食物原料不能在安全的溫度下保存；4) 高層大廈過渡水池水浸後沒有及時作出徹底清洗，或使用消防儲水池的水；5) 疲勞精神緊張導致免疫力下降或功能性腹瀉。
至於確實原因，衛生局及民政總署食安中心正密切調查。
衛生局將繼續密切留意有關情況，並呼籲嚴格遵守民政總署食安中心發出的食品衛生建議，尤其是：
1. 如廁後，準備食物和進食前要洗手；準備食物的場所及設備要清洗和消毒乾淨；避免蟲、鼠等進入廚房和接近食物；
2. 生熟食物分開處理，且要使用專用的設備和用具；使用器皿儲存食物以避免生熟食物互相接觸；
3. 食物要徹底煮熟，熟食再次加熱要徹底；
4. 在安全的溫度下保存食物，煮熟的食物不可在室溫保存超過2小時。
5. 使用安全的水及食物原料。
此外，由於颱風導致可積水的垃圾雜物增加及各種遮雨上蓋破損，登革熱等蚊媒傳染病風險增加，衛生局呼籲居民，注意環境衛生，清除工作地點和家居周圍環境的積水，杜絕蚊蟲孳生，並在家中使用紗窗、蚊帳或開冷氣等措施，減少被蚊叮咬機會；如到戶外多蚊地點活動或前往登革熱流行區旅行時，宜穿淺色長袖衫褲，皮膚暴露部位使用驅蚊劑，防止被蚊叮咬；如有發熱、出疹等疑似登革熱症狀，應及時就醫，並告之醫生有關的旅遊史或居住地點。
有關預防傳染病的詳情可查閱衛生局網頁(http://www.ssm.gov.mo/csr/) 或致電24小時熱線電話28700800。